Cytoscape 具有非常活跃的app开发社区，有很多可视化和分析策略被包装成APP的形式发表在其官网中，在网络图绘制中占有比较重要的一席之地。可以用于展示WGCNA，基因...
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Cytoscape 常用参数
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Seurat 计算线粒体基因比例时，基因非MT-开头Seurat可以利用PercentageFeatureSet计算线粒体基因比例并添加到meta.data，但是我们在使用 sce[["percent.mt"]] = Per...
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10X单细胞基础+个性化合集2作者，Evil Genius 这一篇分享以下后三个部分 单细胞个性化分析之细胞通讯篇 单细胞个性化分析之CNV篇 单细胞个性化分析之转录因子篇 单细胞个性化分析之细胞通讯篇 ...
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单细胞转录组分析---Scanpy（1）我们前面也分享过很多篇关于Seurat的使用，尤其是在单细胞转录组分析上，今天我们来分享和学习另外一个和它齐名的工具：scanpy。也许有人会说单细胞分析使用Seurat，m...
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Seurat数据结构（一）在做单细胞分析的过程中，我们通常要基于Seurat数据之上做多样化的分析：针对某一子集，重新画图等等。所以，我们首先需要对Seurat的数据结构有一个基本的了解。 下面这个图...
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单细胞差异基因可视化|Seurat和scanpy提取细胞簇主要差异基因(DEG)并绘制气泡图1.背景 单细胞数据分析在进行完细胞自聚类或者细胞类型注释后，一般需要对查到的差异基因可视化，用来显示基因和细胞群的相关性，进行后续分析。当然Seurat和scanpy本身可...
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R语言用列数据画PCA带椭圆图之前找了很多信息，见到的都是用行画PCA，用列的大多都是使用fviz_pca_var这个函数，但这个函数椭圆我又死活加不上，再加上画椭圆时的分组信息又没法加在原数据里，纠结了...
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Scissor:整合bulk+scRNA鉴定功能亚群前言 关注生信宝库时间比较久的小伙伴会发现，我们除了更新免疫相关的推文外，最多的就是单细胞研究相关的算法的文献解读了。最近有一位粉丝通过后台和我们说能不能更新一些单细胞联合b...
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Seurat对象数据结构/数据格式写在前面 最近做图的时候不会把umap图分成实验组和对照组两个对比的图。问了同学说是需要把分组信息加到@meta.data里面。顺便系统学下Seurat对象数据格式。 参考：...
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【最新汇总】单细胞转录组分析与绘图系列
分析 单细胞分析实录(1): 认识Cell Hashing[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzkzMzE5NTM4NA==&mid=2247...
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两次单细胞差异分析后的结果进行相关性散点图绘制参考https://mp.weixin.qq.com/s/76hSRtF7m3V9AXonrCNc8w[https://mp.weixin.qq.com/s/76hSRtF7...
