●英文题目:《Common SNPs explain a large proportion of the heritability for human height》 ●期刊...

●英文题目:《Common SNPs explain a large proportion of the heritability for human height》 ●期刊...
@碎冰冰_60d6 如果要计算会很麻烦哦,要知道SNP的连锁信息以及重组率等等,所以我记得这几个需要遗传距离的软件我们一般用物理距离代替了
群体适应性分析——选择信号●选择信号:生物在自然选择或人工选择过程中,由于选择作用在基因组上留下的遗传多态性降低、连锁不平衡等选择印记。●选择性清除(selective sweep):受选择基因座位的...
《Large-scale multitrait genome-wide association analyses identify hundreds of glaucoma ...
进行群体遗传学分析的前提是我们得得到变异信息,之前已经介绍了如何进行CNV的识别,那么本文来介绍下如何识别基因组中分布更多、更常见的变异SNP(INDEL顺带) 二代测序 r...
@假如我重生了 就是尽可能把每个snp按照他本来的基因组位置排上去,这样接近实际情况
2024-09-05 | ggplot绘制曼哈顿图----受够了有些包的自定义限制整体脚本如下,需要你的文件包含CHR BP P三列,无所谓顺序,也无所谓有啥其他列,只要有这三列即可 结果如下
LDSC不仅仅可以用于计算以及检验GWAS结果的inflation是否是因为混杂因素(confounding)的影响,还可以有S-LDSC(partition haritab...
一、什么是LDSC? image.png LDSC,LD分数回归,2015年由 Brendan K Bulik-Sullivan 提出的方法,旨在从样本量日益增加的GWAS结...
一、孟德尔随机化(Mendelian Randomization, MR)的原理 随机对照实验(RCT)一般被认为是明确因果关系的金标准。其要求研究对象随机分组,为减少偏倚,...
当我们拿到某个研究的GWAS summary data时,因为大多是二代测序的缘故,它的SNP ID可能不是正常的rsid,但是,我们下游有些分析却要用到rsid,这时我们会...
整体脚本如下,需要你的文件包含CHR BP P三列,无所谓顺序,也无所谓有啥其他列,只要有这三列即可 结果如下
mwget,m就是multi多线程的意思。mwget是wget的升级版,支持多线程下载,且默认为短点续传。 1、软件安装 当然,我是推荐直接在github下载编译好的包的,省...
最近想学一下生信编程,但是由于自己是生物专业,对计算机编程也不是太了解,所以感觉还是有很大困难。其实自己对编程还是有一定兴趣,以前也有自学过JAVA,不过现在大家编程好像都用...
道心崩碎,先沉寂一段时间
在我们学习某些东西的时候,经常会用pdf、markdown文件或者ipynb文件等去记录一些分析过程,但是如果文件比较多并且比较长的时候,后面查阅起来会很麻烦。因此,想着用J...
最近在学习R,在这里介绍下ggplot绘制的各种图形及代码,还是非常好用的 1 数据 用的数据是R中自带的mpg数据集,长这样(部分) manufacturermodeldi...
简介 单细胞测序数据集的整合(例如跨实验批次、供体或条件)通常是 scRNA-seq 工作流程中的重要步骤。整合分析可以帮助匹配跨数据集的共享细胞类型和状态,这可以提高统计能...
Python学习的神器 Juyper交互式python神器处理软件,这样就可以不用在自己电脑安装python,想要什么包可以直接在服务器安装——小电脑终于不用被摧残了用途和R...
使用Snakemake搭建分析流程 目前已有的框架 A review of bioinformatics pipeline framework 的作者对已有的工具进行很好的分...
“在科研绘图过程中,除了一些科研软件自带的颜色外,相信大家有时候也想自己为图片进行配色,使图片更加美观生动,让人眼前一亮,先上效果图,顺便分享一些配色方案!” “下面...