论文 A highly conserved core bacterial microbiota with nitrogen-fixation capacity inhabit...
发简信
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跟着Nature Communications学作图：R语言ggtern包画三元相图（Ternary plots ） -
文献分享 | Nat Genet：常见 SNP 可以解释人类身高的大部分遗传因素●英文题目：《Common SNPs explain a large proportion of the heritability for human height》 ●期刊...
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@碎冰冰_60d6 如果要计算会很麻烦哦，要知道SNP的连锁信息以及重组率等等，所以我记得这几个需要遗传距离的软件我们一般用物理距离代替了
群体适应性分析——选择信号
●选择信号：生物在自然选择或人工选择过程中，由于选择作用在基因组上留下的遗传多态性降低、连锁不平衡等选择印记。●选择性清除（selective sweep）：受选择基因座位的...
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组会论文 | Nat Genet：大规模多性状全基因组关联分析鉴定数百个青光眼风险位点《Large-scale multitrait genome-wide association analyses identify hundreds of glaucoma ...
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2024-11-30 | 群体遗传变异——SNP及INDEL calling进行群体遗传学分析的前提是我们得得到变异信息，之前已经介绍了如何进行CNV的识别，那么本文来介绍下如何识别基因组中分布更多、更常见的变异SNP（INDEL顺带） 二代测序 r...
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@假如我重生了 就是尽可能把每个snp按照他本来的基因组位置排上去，这样接近实际情况
2024-09-05 | ggplot绘制曼哈顿图----受够了有些包的自定义限制
整体脚本如下，需要你的文件包含CHR BP P三列，无所谓顺序，也无所谓有啥其他列，只要有这三列即可 结果如下
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2024-11-14 | LDSC——分区遗传力及组织细胞富集LDSC不仅仅可以用于计算以及检验GWAS结果的inflation是否是因为混杂因素（confounding）的影响，还可以有S-LDSC（partition haritab...
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2024-11-10 | LDSC (LD score regression)一、什么是LDSC？ image.png LDSC，LD分数回归，2015年由 Brendan K Bulik-Sullivan 提出的方法，旨在从样本量日益增加的GWAS结...
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2024-11-09 | 孟德尔随机化分析一、孟德尔随机化（Mendelian Randomization， MR）的原理 随机对照实验（RCT）一般被认为是明确因果关系的金标准。其要求研究对象随机分组，为减少偏倚，...
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2024-10-16 | GWAS数据SNP rsID的注释
当我们拿到某个研究的GWAS summary data时，因为大多是二代测序的缘故，它的SNP ID可能不是正常的rsid，但是，我们下游有些分析却要用到rsid，这时我们会...
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2024-09-05 | ggplot绘制曼哈顿图----受够了有些包的自定义限制整体脚本如下，需要你的文件包含CHR BP P三列，无所谓顺序，也无所谓有啥其他列，只要有这三列即可 结果如下
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2024-08-31 | mwget----wget的升级版，超快的下载工具
mwget，m就是multi多线程的意思。mwget是wget的升级版，支持多线程下载，且默认为短点续传。 1、软件安装 当然，我是推荐直接在github下载编译好的包的，省...
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【Python生信编程笔记】一 、介绍最近想学一下生信编程，但是由于自己是生物专业，对计算机编程也不是太了解，所以感觉还是有很大困难。其实自己对编程还是有一定兴趣，以前也有自学过JAVA，不过现在大家编程好像都用...
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2024-04-11 | Jupyter Book & Github Pages--撰写网页书
在我们学习某些东西的时候，经常会用pdf、markdown文件或者ipynb文件等去记录一些分析过程，但是如果文件比较多并且比较长的时候，后面查阅起来会很麻烦。因此，想着用J...
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2024-04-09 | ggplot各种图展示最近在学习R，在这里介绍下ggplot绘制的各种图形及代码，还是非常好用的 1 数据 用的数据是R中自带的mpg数据集，长这样（部分） manufacturermodeldi...
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scRNA-seq｜Seurat 整合分析简介 单细胞测序数据集的整合（例如跨实验批次、供体或条件）通常是 scRNA-seq 工作流程中的重要步骤。整合分析可以帮助匹配跨数据集的共享细胞类型和状态，这可以提高统计能...
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2024-03-27 | 服务器Python或R等在本地的使用——JupyterPython学习的神器 Juyper交互式python神器处理软件，这样就可以不用在自己电脑安装python，想要什么包可以直接在服务器安装——小电脑终于不用被摧残了用途和R...
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snakemake--我最喜欢的流程管理工具使用Snakemake搭建分析流程 目前已有的框架 A review of bioinformatics pipeline framework 的作者对已有的工具进行很好的分...
