一、孟德尔随机化（Mendelian Randomization， MR）的原理 随机对照实验（RCT）一般被认为是明确因果关系的金标准。其要求研究对象随机分组，为减少偏倚，...
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2024-11-09 | 孟德尔随机化分析 -
2024-10-16 | GWAS数据SNP rsID的注释
当我们拿到某个研究的GWAS summary data时，因为大多是二代测序的缘故，它的SNP ID可能不是正常的rsid，但是，我们下游有些分析却要用到rsid，这时我们会...
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2024-09-05 | ggplot绘制曼哈顿图----受够了有些包的自定义限制整体脚本如下，需要你的文件包含CHR BP P三列，无所谓顺序，也无所谓有啥其他列，只要有这三列即可 结果如下
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2024-08-31 | mwget----wget的升级版，超快的下载工具
mwget，m就是multi多线程的意思。mwget是wget的升级版，支持多线程下载，且默认为短点续传。 1、软件安装 当然，我是推荐直接在github下载编译好的包的，省...
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【Python生信编程笔记】一 、介绍最近想学一下生信编程，但是由于自己是生物专业，对计算机编程也不是太了解，所以感觉还是有很大困难。其实自己对编程还是有一定兴趣，以前也有自学过JAVA，不过现在大家编程好像都用...
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2024-04-11 | Jupyter Book & Github Pages--撰写网页书
在我们学习某些东西的时候，经常会用pdf、markdown文件或者ipynb文件等去记录一些分析过程，但是如果文件比较多并且比较长的时候，后面查阅起来会很麻烦。因此，想着用J...
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2024-04-09 | ggplot各种图展示最近在学习R，在这里介绍下ggplot绘制的各种图形及代码，还是非常好用的 1 数据 用的数据是R中自带的mpg数据集，长这样（部分） manufacturermodeldi...
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scRNA-seq｜Seurat 整合分析简介 单细胞测序数据集的整合（例如跨实验批次、供体或条件）通常是 scRNA-seq 工作流程中的重要步骤。整合分析可以帮助匹配跨数据集的共享细胞类型和状态，这可以提高统计能...
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2024-03-27 | 服务器Python或R等在本地的使用——JupyterPython学习的神器 Juyper交互式python神器处理软件，这样就可以不用在自己电脑安装python，想要什么包可以直接在服务器安装——小电脑终于不用被摧残了用途和R...
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snakemake--我最喜欢的流程管理工具使用Snakemake搭建分析流程 目前已有的框架 A review of bioinformatics pipeline framework 的作者对已有的工具进行很好的分...
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科研绘图找不到漂亮的颜色？看这里“在科研绘图过程中，除了一些科研软件自带的颜色外，相信大家有时候也想自己为图片进行配色，使图片更加美观生动，让人眼前一亮，先上效果图，顺便分享一些配色方案！” “下面...
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2023-12-13 | ggplot-采样地图绘制需要数据格式 前两列是经纬度，第三列是品种或亚型，第四列是每个品种的数量分布 画图 结果展示 ! 代码来自文章，稍作修改 Gu, S.; Qi, T.; Rohr, J. R...
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@8d2d520bbcf1 我是这么做的，有些SCI也是这种做法，而且这方面我做的较少，纯属兴趣使然，所以探索一下，可能没有那么专业
群体进化分析--基因流及群体历史分析——我愿称之为史上最全
基因流（也称基因迁移）是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，是遗传变异一个非常重要的来源，...
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@水老鸦 可以这么理解喔，第四列指的是目标群体相对于参考群体受选择，第五列指的是参考群体相对于目标群体受选择，所以我们用第四列就行了，然后这个值代表的是normXPEHH >2的位点占整个区间所有位点的比例，同理第五列的值代表normXPEHH <-2的位点占整个区间所有位点的比例，最后两列应该是该区间内全部为点normXPEHH最大和最小值，就是这样啦
群体适应性分析——选择信号
●选择信号：生物在自然选择或人工选择过程中，由于选择作用在基因组上留下的遗传多态性降低、连锁不平衡等选择印记。●选择性清除（selective sweep）：受选择基因座位的...
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@llchang 等下，我好像理解错了，你说的5列是指最后只有5个窗口的数据，还是数据是由5列组成的？
群体适应性分析——选择信号
●选择信号：生物在自然选择或人工选择过程中，由于选择作用在基因组上留下的遗传多态性降低、连锁不平衡等选择印记。●选择性清除（selective sweep）：受选择基因座位的...
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@llchang 你的数据是重测序还是芯片？
群体适应性分析——选择信号
●选择信号：生物在自然选择或人工选择过程中，由于选择作用在基因组上留下的遗传多态性降低、连锁不平衡等选择印记。●选择性清除（selective sweep）：受选择基因座位的...
