您好,请问这个关联分析的阈值应该如何确定呢?
潜在因素混合模型:LFMM—— R包lfmm在自然群体(区别于强人工选择)中,如果我们感兴趣的数量性状表现出与特定的地理环境变量有高度的关联性,随着环境变量的改变而变化,则这些环境变量往往反映了环境作用于个体表型的选择...
您好,请问这个关联分析的阈值应该如何确定呢?
潜在因素混合模型:LFMM—— R包lfmm在自然群体(区别于强人工选择)中,如果我们感兴趣的数量性状表现出与特定的地理环境变量有高度的关联性,随着环境变量的改变而变化,则这些环境变量往往反映了环境作用于个体表型的选择...
TASSEL是最早出现的用于动植物关联分析的软件,还可以对进化模式以及连锁不平衡进行评估,功能非常强大,要说缺点,可能就是真的有点慢。 表型数据处理在下面这篇帖子中有介绍,这...
你好我想请教一下这个marker-rsq是表示这个位点的贡献率吗,等同于其他软件,比如说GCTA中的beta值吗?有tassel GWAS的其中一个结果文件*mlm3里面有每个位点不同allele的effect size,这个又衡量的是什么呢?期待感谢您的回复。
9.2 GWAS:关联分析——TASSEL(GLM/MLM/CMLM)TASSEL是最早出现的用于动植物关联分析的软件,还可以对进化模式以及连锁不平衡进行评估,功能非常强大,要说缺点,可能就是真的有点慢。 表型数据处理在下面这篇帖子中有介绍,这...
今天学习到一个名词,无偏估计。如何理解“不论总体服从什么分布,样本均值是总体均值的无偏估计量”这句话,什么是无偏估计呢? 均值的无偏估计 比如我们想知道一个群体的平均身高,但...
ASMC(ascertained sequentiallyMarkovian coalescent)是2018年Alkes L. Price实验室开发的算法,相关文章发表在2...
@点点_16b5 包含两列,一列是chr(列名),一列是end(列名)
pi, Fst, dxy, fd的计算有许多不同的统计量可以衡量差异选择的区域或基因渗入障碍的区域。这里介绍常用的四个统计量的计算: pi, 衡量遗传多样性 Fst, 衡量群体分化程度 dxy, 对核苷酸多样性绝...
这是2017年哈佛大学生物医学信息学教授Shamil R. Sunyaev发表在Science上的一篇文章。 背景 负选择是自然选择很重要的一种,通过剔除有害突变,保证物种不...
这个文件可以自己构建,就是一个包含染色体长度信息的文件
pi, Fst, dxy, fd的计算有许多不同的统计量可以衡量差异选择的区域或基因渗入障碍的区域。这里介绍常用的四个统计量的计算: pi, 衡量遗传多样性 Fst, 衡量群体分化程度 dxy, 对核苷酸多样性绝...
可视化是一个重要工具,但是我们需要把数据整理成正确的形式来进行可视化。 通常,需要创建一些新的变量或摘要,或者重命名变量或对观察值进行重新排序,以使数据可视化起来更容易一些。...
可视化是一个重要工具,但是我们需要把数据整理成正确的形式来进行可视化。通常,需要创建一些新的变量或摘要,或者重命名变量或对观察值进行重新排序,以使数据可视化起来更容易一些。接...
学习tidyverse - 数据可视化(1)[https://www.jianshu.com/p/506900640a2d] Prerequisites[https://r4...
@wow咪来哆 可以,基因型是一个分类变量,把indel设置成一种新的变量就可以了,比如说3
基于Vcf文件进行基因单倍型分析单倍型,是单倍体[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的简称,在遗传学上是指...
sorry, 有的内容我没试过,Command + Option + 拖拽文件 可以,我更新一下
Mendeley文件管理Personal Web Space 每个人注册了Mendeley账号之后都可以获得免费的2G云盘(Personal Web Space),需要额外的空间则需要升级账号。点击...
@Lisa_940c 你可以检查一下你的输入变量是不是对应,检查行列数,数据类型等
基于Vcf文件进行基因单倍型分析单倍型,是单倍体[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的简称,在遗传学上是指...
bayenv是一种贝叶斯方法,通过检测等位基因频率和生态变量之间的相关性或地理区域之间的极端等位基因频率差异来识别适应当地环境的位点。该方法可以从一组基因组变异中估计种群之间...
案例一 IM20Mb.tpl IM20Mb.est run line .tpl中字母代表的是要估计的参数,有些给定的值如果在.est文件中定义,也会重新估计。.est文件中文...