TASSEL是最早出现的用于动植物关联分析的软件，还可以对进化模式以及连锁不平衡进行评估，功能非常强大，要说缺点，可能就是真的有点慢。 表型数据处理在下面这篇帖子中有介绍，这...
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9.2 GWAS：关联分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM)
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无偏估计今天学习到一个名词，无偏估计。如何理解“不论总体服从什么分布，样本均值是总体均值的无偏估计量”这句话，什么是无偏估计呢？ 均值的无偏估计 比如我们想知道一个群体的平均身高，但...
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ASMC计算位点溯祖时间ASMC(ascertained sequentiallyMarkovian coalescent)是2018年Alkes L. Price实验室开发的算法，相关文章发表在2...
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文献阅读：Negative selection in humans and fruit flies involves synergistic epistasis这是2017年哈佛大学生物医学信息学教授Shamil R. Sunyaev发表在Science上的一篇文章。 背景 负选择是自然选择很重要的一种，通过剔除有害突变，保证物种不...
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学习tidyverse - 数据可视化(1)我学习的主要是这本书R for Data Science[https://r4ds.had.co.nz/index.html]. 上图是我们处理数据的流程 导入：首先，必须将...
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Fastsimcoal2 模拟群体案例假设我们想模拟经历了以下群体演化历史的群体样本： 我们在3popDNASFS.par文件中来描述这个群体演化历史的过程，这个演化过程是时间回溯的，从下往上依次来描述这个过程：...
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D 统计量检测遗传渗入ABBA-BABA test ABBA-BABA 统计（也称为 D 统计）为严格二叉进化历史的偏差提供了一种简单而强大的测试。 因此，它们经常用于使用基因组规模的 SNP 数...
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不完全谱系分选关键词：祖先多态。 假设有两个连续分支事件发生，一开始产生了物种 A，然后是物种 B 和物种 C。 现在，假设ABC的祖先携带了我们所研究基因的2个不同的单倍型，可能凑巧在物...
