作者，Evil Genius 4月9日，宜祈福，求个福，渡过难关，相亲相爱~~~ 这一篇我们简单来比较一下10X空间转录组与国产空间转录组分析上的区别。 第一点、精度带来的分...
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10X空间转录组平台vs国产空间平台（华大 & 百迈客） -
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单细胞空间数据分析人类胚胎肺细胞异质性的发育起源
作者，Evil Genius 好了，开始这篇的内容。 文章信息A topographic atlas defines developmental origins of cel...
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单细胞空间数据分析人类胚胎肺细胞异质性的发育起源作者，Evil Genius 好了，开始这篇的内容。 文章信息A topographic atlas defines developmental origins of cel...
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使用GPT让你的RStudio如虎添翼
API的的调用目前来说不限制地区，但是OpenAI的API的申请限制了地区。运行的时候，如果出现了429，意味着你被限流了，需要等一会才行。 前提是，你需要注册一个OpenA...
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Seurat::DoHeatmap 的谜之报错Seurat::DoHeatmap 的谜之报错 最近在学习Seurat教程（Seurat版本3.0.2），发现运行到倒数第二步做热图展示marker genes时总是报错 主...
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10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之CellChathello，大家好，今天我们来分享一下细胞通讯的文章CellChat，其实有关这个软件已经有了很多的文章来介绍了，2020年的6月份我和Cellchat的作者聊过一次，当时感...
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很好的文章，感谢作者分享。补充一下自己运行过程中遇到的问题和解决方法：运行netEmbedding函数时默认会调用python的umap-learn模块，但我这边Rstudio的python环境配置一直弄不好。所以就安装了R包“uwot”。运行“cellchat <- netEmbedding(cellchat, type = "structural", umap.method = 'uwot')”避开默认的umap算法。
CellChat 三部曲2：使用CellChat 对多个数据集细胞通讯进行比较分析
CellChat 三部曲2：使用CellChat 对多个数据集细胞通讯进行比较分析 加载所需的包[#load-the-required-libraries] 创建目录以保存图...
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CellChat 三部曲2：使用CellChat 对多个数据集细胞通讯进行比较分析CellChat 三部曲2：使用CellChat 对多个数据集细胞通讯进行比较分析 加载所需的包[#load-the-required-libraries] 创建目录以保存图...
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单细胞系列课程-10 Trajectory inference analysis of scRNA-seq data视频链接：https://www.youtube.com/watch?v=XmHDexCtjyw&list=PLjiXAZO27elC_xnk7gVNM85I2IQl5BEJ...
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Cell-Cell Interaction Database|| 单细胞配受体库你还在文章的附录里找吗？Cell-Cell Interaction Database ： https://baderlab.org/CellCellInteractions#ref6 Cell-Ce...
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单细胞分析之细胞交互-3：CellChat常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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单细胞数据整合-1：Harmony原理介绍和官网教程目录：1. 原理介绍2. 操作演示3. 关于Harmony操作是否会对差异分析产生影响 1. 原理介绍 官网：https://github.com/immunogenomic...
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细胞类型鉴定--单细胞marker基因（持续修正）细胞类型marker基因T CellsCD3D, CD3EThCD3D, CD3E, CD40LGTcCD3D, CD3E, CD8A, CD8BgdTTRDV2, TRGV...
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单细胞数据分析中future包的使用跑锚点整合的时候遇到报错 提示future.globals.maxSize不足解决办法参考：stackoverflow[https://stackoverflow.com/q...
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【单细胞】单细胞数据的批次效应在数据分析的时候，我们的目标是一般都是找到样本之间真实的生物学差异。但是这种真实的生物学因素往往会受到各种因素影响，举几个场景： 不同样本 同一样本的生物学重复 同一样本的技...
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DoubletFinder
相信各位做单细胞的童鞋们，都遇到过去除多细胞的情况，而Cellranger默认的是前1%（3000cell），对于低质量的细胞有了算法来确认是否保留，但是对于多细胞而言，Ce...
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10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之细胞过滤那些事hello，大家好，今天已经是五一假期的第二天，本人呢，哪也去不了，只好在家歇着，所以呢，给自己找点事做，本人93年，单身，现居天津武清，女孩子有没有想谈恋爱了，可以联系我，...
