谢京合

seurat涉及的数据分析包括很多步骤。之前只顾着干活儿，也没有系统的整理过分析中的具体内容。这里就参照网上大神们分享的帖子，来梳理一下。 1、读入数据。 这个函数就是根据输...

单细胞空间交响乐

hello，大家好，这次我们来分享一下做轨迹分析的软件----CytoTRACE,文章在Single-cell transcriptional diversity is a ...

Hayley笔记

AUC允许在单细胞rna数据集中识别具有活性基因集（如gene signature,gene module）的细胞。AUCell使用曲线下面积来计算输入基因集的一个关键子集是...

KS科研分享与服务

更多精彩请至我的公众号《KS科研分享与服务》 第一次接触基因评分是在一篇文章中，也不知道这样的叫法对不对，作者选定了几个炎症基因，利用seurat包的一个打分函数AddMod...

生信编程日常

AUCell可以识别sc-RNA数据中具有活跃基因集或基因模块的细胞,即可以将某个通路的富集情况展现在聚类的细胞上，从而可以鉴定具有特定基因特征的细胞群。AUCell使用“A...

清竹饮酒

相信很多专题应该已经讲过SCENIC的使用，这儿，针对我自己对SCENIC的学习使用，遇到的问题做一个详细的讲解说明，希望能对大家理解学习应用SCENIC起到一些帮助。 SC...

生信师姐

回顾一下：什么是单细胞转录组测序技术？ 细胞异质性是生物组织的普遍特征。由于传统的转录组测序(RNA-Seq)技术的测序水平是在个体或群体水平上对数万个细胞进行转录组测序，因...

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2022年7月14日，来自俄亥俄州立大学的 Phillip G Popovich 团队在《Nature Communications》上发表了题为“Microglia coo...

生物芯时空

在我国，乳腺癌发病率呈逐渐上升趋势，是严重危害妇女健康的恶性肿瘤。巨噬细胞是乳腺癌微环境的主要细胞类型。肿瘤相关巨噬细胞通常具有促癌和免疫抑制功能，与不良预后相关，但也有报道...