peg6000模拟干旱，一般选用多少浓度以及用量，时间梯度是0，3，9，12，24h
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分析 | 比较基因组 | 共线性分析
网上已经有很多教程，自己尝试梳理。 共线性分析，你会想到什么？基于蛋白编码基因1.1 MCScanX[https://github.com/wyp1125/MCScanX] ...
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聊聊“基因组共线性”最近看了几篇关于共线性分析的微信/简书推送，发现不少研究人员把“编码基因共线性”错误地描述为“全基因组共线性”。这是两个完全不同的概念，前者主要是基于蛋白水平，蛋白的保守性很...
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您好，在做自己数据时，物种内共线性没有数据请问是为什么😣
基因组基因复制的分类鉴定：DupGen-finder
参考：https://www.jianshu.com/p/0a14d971bd0a[https://www.jianshu.com/p/0a14d971bd0a] requi...
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作者 您好，按照你这边的操作，我得不到第一张图，想请问一下这里的操作是否可以详细一些，非常感谢！
Notung
准备物种树和基因树，主要物种树和基因树要保持一致 1. 物种树 （可以用ofrthofinder获得） 2. 基因树 物种树必须包含基因树中所有基因的物种，额外的物种将被 N...
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全基因组复制分析（WGD）全基因组复制 全基因组复制事件是物种的染色体由于某种原因整体复制加倍的事件； 大多数被子植物都经历过多倍化事件； 物种在自然选择压力较大的时候可能会发生全基因组复制来丰富自己...
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KEGG pathway 注释整理
KEGG pathway 注释整理 获得KEGG注释 通过eggnog-mapper和interproscan两个软件(或数据库)，可以获得KEGG ORTHOLOGY(KO...
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非模式生物KEGG富集分析写在前面 因为我研究的物种比较小众，很多注释不完全，R包AnnotationHub中也没有对应信息，所以无法使用公共数据库进行kegg富集分析。所以自己尝试使用KAAS造一个...
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根据Knumbers注释爬取KEGG对应KO号和pathway name
背景 手头有KEGG对应各个基因的注释文件（注释可以参考KAAS注释流程)，但没有对应的KO号，需要得到相应的KO号做富集分析 Python script 用selenium...
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主要研究方向是昆虫生理生化，全网同名
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GO富集结果进行图形绘制怎么将得到的Go富集[https://www.jianshu.com/p/638c4e3fba35]的结果进行可视化呢？本文使用ggplot2进行绘图。 首先我们先看一下上文...
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用于记录学习过程中的重要内容，以及一些遇见的问题和解决办法。
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作者大大，我在绘图的时候showcategory不论设置多少只能出来四个⭕或者柱
14.GO富集分析R语言代码及5种图的绘制
一、举例回顾 本节使用GSE1009数据集，已经用limma包对数据集中的样本进行差异分析，现对差异基因(DEGs)做GO富集分析。 GSE1009数据集介绍： 样本量：共6...
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临床童鞋一枚
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14.GO富集分析R语言代码及5种图的绘制一、举例回顾 本节使用GSE1009数据集，已经用limma包对数据集中的样本进行差异分析，现对差异基因(DEGs)做GO富集分析。 GSE1009数据集介绍： 样本量：共6...
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RNA-seq摸索：4. edgeR/limma/DESeq2差异基因分析→ggplot2作火山图→biomaRt转换ID并注释请一定看这里：写下来只是为了记录一些自己的实践，当然如果能对你有所帮助那就更好了，欢迎大家和我交流 差异分析流程: 1 初始数据 2 标准化(normalization)：D...
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TCGA的差异基因分析在分析TCGA数据库里的RNA-seq数据之前，先了解一下TCGA样本的id名称里的小秘密：参考文章：TCGA的样本id里藏着分组信息 根据文章里的内容，我查看了前一篇文章里...
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密码子使用偏性的分析方法介绍DNA通过转录，控制着mRNA的合成，而mRNA是蛋白质合成的模板，它决定了蛋白质的序列结构、功能等信息。把mRNA看作一种语言，它由4种不同碱基的核苷酸组成（A、U、C、G...
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第04周-用LC-MS来找HCC的代谢标记物
用LC-MS来找HCC的代谢标记物 最近组会有个postdoc分享了这篇文献，数据分析角度很简单，但是实验阶段很繁琐，招募了大量的患者，文章是；A Large-Scale, ...
