帮助文档地址 https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/l...
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cell ranger的使用--cellranger count
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scRNA-Seq | 多样本Seurat+CCA整合一、前言 左边的图简单地把多个单细胞的数据合并在一起，不考虑去除批次效应，样本之间有明显的分离现象。右边的图是使用算法校正批次效应，不同的样本基本融和在一起了。scRNA数据...
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如何下载感兴趣的基因集（GO数据库）
需求：下载DNA损伤修复相关的基因列表。 第一步 搜索数据库 进入GO (Gene Ontology) 数据库网页 http://geneontology.org/ ，在搜索...
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单细胞S4 对象学习参考链接：送你个对象 在seurat 以及Monocle 逐渐都采用 SingleCellExperiment或者sce 进行存储数据， 这是单细胞分析中的非常常用的S4...
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fgsea单细胞转录组GSEA富集分析Gene Set Enrichment Analysis(GSEA),Subramanian et al. 20051[https://doi.org/10.1073/pna...
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在R中按照行名合并数据框使用merge可以将数据框按照行名合并 df1 = data.frame(CustomerId = c(1:6), Product = c(rep("Toaster", 3)...
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monocle2 使用笔记1. 文献怎么用 monocle2 ? (1) ex1 作者处理2种细胞使用的策略还不一样！ 中性粒细胞 neutrophil 是先subset出来，去除污染细胞，然后Seu...
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Metascape 专门为生物学者设计的基因富集分析网站
一、Metascape简介 Metascape（http://metascape.org/[http://metascape.org/]） 是一个功能强大的基因功能注释分析工...
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单细胞分析之细胞交互-4：NicheNet常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
