一、前言 左边的图简单地把多个单细胞的数据合并在一起，不考虑去除批次效应，样本之间有明显的分离现象。右边的图是使用算法校正批次效应，不同的样本基本融和在一起了。scRNA数据...
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scRNA-Seq | 多样本Seurat+CCA整合 -
如何下载感兴趣的基因集（GO数据库）
需求：下载DNA损伤修复相关的基因列表。 第一步 搜索数据库 进入GO (Gene Ontology) 数据库网页 http://geneontology.org/ ，在搜索...
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单细胞S4 对象学习参考链接：送你个对象 在seurat 以及Monocle 逐渐都采用 SingleCellExperiment或者sce 进行存储数据， 这是单细胞分析中的非常常用的S4...
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fgsea单细胞转录组GSEA富集分析Gene Set Enrichment Analysis(GSEA),Subramanian et al. 20051[https://doi.org/10.1073/pna...
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在R中按照行名合并数据框使用merge可以将数据框按照行名合并 df1 = data.frame(CustomerId = c(1:6), Product = c(rep("Toaster", 3)...
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monocle2 使用笔记1. 文献怎么用 monocle2 ? (1) ex1 作者处理2种细胞使用的策略还不一样！ 中性粒细胞 neutrophil 是先subset出来，去除污染细胞，然后Seu...
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Metascape 专门为生物学者设计的基因富集分析网站
一、Metascape简介 Metascape（http://metascape.org/[http://metascape.org/]） 是一个功能强大的基因功能注释分析工...
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单细胞分析之细胞交互-4：NicheNet常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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R数据格式：RData，Rds区别
Rdata是生信技能树生信爆款入门课程[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247497973&id...
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scRNA-seq拟时分析 || Monocle2 踩坑教程拟时（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程，在发育相关研究中使用频...
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R--去重unique ; duplicated，根据某一列的重复值，去除该重复值所在的整行
unique 语法 unique(x, incomparables = FALSE, fromLast = FALSE,nmax = NA...)x 可以是向量、数据框、数组...
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多种方法实现基因ID SYMBOL 与 ENTREZID转换方法一 ID转换，ENTREZID是进行GO分析最好的ID类型（针对clusterProfiler）ID转换用到的是bitr()函数，但我的SYMBOL 转 ENTREZID...
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monocle分析及结果解读1.写在前面的话： 近年来，由于细胞的异质性及发育分化等相关的问题越来越被研究者们所关注，单细胞转录组分析为研究异质细胞群的复杂生物学过程提供了方法和工具。每一个细胞进行转录...
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（八）：拟时序细胞轨迹推断第八节：拟时序细胞轨迹推断 在本节教程中，我们将学习如何通过拟时序分析推断细胞分化轨迹。slingshot包可以对单细胞RNA-seq数据进行细胞分化谱系构建和伪时间推断，它...
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Stay Hungry. Stay Foolish<br>学点R语言，搞点数据挖掘<br>专注肿瘤研究和学习<br>ORCID:<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Forcid.org%2F0000-0002-0660-7802" target="_blank">https://orcid.org/0000-0002-0660-7802</a><br>CSDN：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fblog.csdn.net%2Flijianpeng0302%3Ftype%3Dblog" target="_blank">https://blog.csdn.net/lijianpeng0302?type=blog</a> 生信小鹏
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R 数据可视化 —— ggsci 配色前言 在绘图时，如何搭配颜色，是一个很让人头疼的问题。今天要介绍的包 ggsci 能大大减轻我们的负担。 ggsci 提供了很多高质量的颜色搭配，其灵感来自于各种 SCI 杂...
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单细胞数据整合-1：Harmony原理介绍和官网教程目录：1. 原理介绍2. 操作演示3. 关于Harmony操作是否会对差异分析产生影响 1. 原理介绍 官网：https://github.com/immunogenomic...
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单细胞36计之29---错误：无法分配大小为6.9Gb的矢量
29、第二十九计 树上开花比喻将本求利，别人收获。此计是说借助某种局面（或手段）布成有利的阵势，兵力弱小但可使阵势显出强大的样子或者是弱小的部队通过凭借某种因素，改变外部形态...
