空间分辨转录组学 (SRT) 面临的一个紧迫挑战是对计算方法进行基准测试。一种广泛使用的方法是利用模拟数据。然而，目前可用的模拟 SRT 数据存在偏差，这严重影响了方法评估和...
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时空组工具 | 使用 scCube 模拟空间转录组中的多种变异 -
NC | ezSingleCell：一站式单细胞和空间组学综合分析平台单细胞和空间组学技术的迅速崛起生成了大量数据，为提供具有用户友好界面的更全面的数据分析平台，《Nature Communications》发表了一款交互式且易于使用的应用程序...
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时空组工具 | 用SpatialGlue从空间多组学中解析空间域空间组学技术的进步允许从同一组织切片获取多种类型的数据。为了充分发挥此类数据的潜力，我们需要空间信息数据集成方法。近日，《Nature Methods》发表了一种名为Spat...
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热点综述 | 健康和疾病中的空间转录组学空间转录组技术的快速发展加快了包括肾脏病学在内的多个领域的发现步伐。2024年5月，《Nature Reviews Nephrology》发表综述文章，概述了当前和新兴的空间...
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表观组工具 | epidecodeR：表观遗传学和表观转录组调控的功能探索工具目前如何将特定的 "表观标记 "与细胞和生物过程特定背景下的基因表达联系起来仍是一个重大挑战。2024年1月，《Briefings in Bioinformatics》发表了...
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Nature Plants发表玉米雌穗的空间转录组图谱2024年5月14日，国家基因库生命大数据平台支撑科研成果在Nature Plants在线发表。该研究题为“A spatial transcriptome map of th...
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癌症研究工具 | ImmuneMirror：基于机器学习的新抗原预测工具新抗原来源于肿瘤中的体细胞突变，在正常组织中不存在。新出现的证据表明，新抗原可以刺激肿瘤特异性T细胞介导的抗肿瘤免疫反应，因此是潜在的免疫治疗靶点。2024年2月，《Brie...
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Nature Methods | 基因组学数据去卷积分析的挑战与展望去卷积是根据各种组学数据估计细胞类型丰度的有效方法。尽管近年来去卷积分析方法取得了重大进展，但挑战仍然突出。2024年2月，《Nature Methods》发表Perspec...
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单细胞工具 | scPROTEIN：一个专为单细胞蛋白质组数据分析设计的多功能框架单细胞蛋白质组学测序技术揭示了细胞中蛋白质与蛋白质之间的相互作用、翻译后修饰以及蛋白质形态的动态变化。然而，多肽定量的不确定性估计、数据缺失、批次效应和高噪声阻碍了单细胞蛋白...
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Nature发布迄今最完整肌肉衰老过程单细胞图谱2024年4月，国家基因库生命大数据平台支撑科研成果在《Nature》发表。该研究题为“Multimodal cell atlas of the ageing human s...
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肝脏稳态和切除再生时空图谱 | Nature Genetics文献解读2024年4月，国家基因库生命大数据平台支撑科研成果在《Nature Genetics》发表。该研究题为“A spatiotemporal atlas of mouse li...
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胆汁淤积与再生时空转录图谱 | Nature Genetics文献解读2024年4月，国家基因库生命大数据平台支撑科研成果在《Nature Genetics》发表。该研究题为“A spatiotemporal atlas of cholesta...
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时空组工具 | SpatialData：一个开放的、通用的空间组学数据框架空间分辨组学技术正在改变我们对生物组织的理解。然而，由于数据量大、数据类型异构以及缺乏灵活的空间感知数据结构，单模式和多模式空间组学数据集的处理仍然是一个挑战。2024年3月...
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Database | LettuceDB：栽培生菜的综合多组学数据库作物基因组学在过去十年中发展迅速，从多组学研究中产生了大量的组学数据。如何利用积累的数据成为作物科学的一个关键而迫切的需求。 生菜（Lactuca sativa L.）属菊科...
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物种鉴定笔记 | 高通量测序技术在转基因作物检测中的应用随着转基因技术的快速发展和转基因作物的日益普及，近年来与转基因有关的非法进口、环境污染和安全问题等事件显著增加。因此，对更先进的转基因作物检测方法的需求日益增长。由于转基因作...
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物种鉴定笔记 | PhyloAln：专为系统发育和进化分析而设计的基于参考的多序列比对工具目前系统发育和进化分析主要依赖于组学数据。然而，在核心分析之前，传统方法通常涉及复杂而耗时的程序，包括高通量reads的组装、去除污染、基因预测、同源性搜索、同源性分配、多序...
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Nat. Rev. Genet. | 研究细胞相互作用和通讯的计算及实验工具近年来，研究细胞与细胞相互作用（CCIs） 的工具经历了显著的多样化。2024年1月，《Nature Reviews Genetics》发表综述，探讨细胞-细胞相互作用研究的...
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单细胞工具 | cnnImpute：基于卷积神经网络模型的全新scRNA-seq数据插补工具由于固有的低信噪比和存在过多的缺失值，单细胞测序（scRNA-seq）数据分析存在独特的挑战。2024年2月，《Scientific Reports》发表了一种新的基于卷积神...
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单细胞工具 | scGPT：利用生成式AI构建单细胞多组学基础模型生成式预训练模型在多个领域都取得了显著的成功。2024年2月，《Nature Methods》发表单细胞生物学的基础模型 scGPT，该模型是基于跨越3300多万个细胞库的生...
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Nat. Biotechnol. | iStar：通过整合空间转录组学与组织学推断超分辨率组织结构空间转录组学（ST）在生成组织内细胞的复杂分子图谱方面显示出巨大的潜力。2024年1月，《Nature Biotechnology》发表了一种基于分层图像特征提取的方法—— ...