https://juejin.cn/post/7171032224890880007[https://juejin.cn/post/7171032224890880007]h...
IP属地：上海
-
Seurat: FindNeighbors() & FindClusters()
-
单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释
前面已经讲解了：单细胞分析实录(1): 认识Cell Hashing[https://www.jianshu.com/p/02b70bda5d0a]单细胞分析实录(2): 使...
-
单细胞实战2: Seurat+SingleR--从矩阵到细胞类型注释单细胞数据标准分析Seurat流程： Seurat官网：https://satijalab.org/seurat/articles/get_started.html[http...
-
CellChat三部曲1：使用CellChat对单个数据集进行细胞间通讯分析CellChat三部曲1：使用CellChat对单个数据集进行细胞间通讯分析 自从周运来在简书写了一篇cellchat的中文介绍教程，然后R包作者也在B站做了直播介绍，cel...
-
空间转录组的几个分析要点及经典文献分享作者，Evil Genius~~ 空间转录组的运用方向：转录、蛋白 ST最适合回答三种生物问题：首先可以阐明组织的细胞类型组成；第二类问题与细胞相互作用有关；最后可以帮助阐明...
-
三种空间组学数据类型的读取你是否为各种各样的空间转录组数据类型而眼花缭乱？你是否想要复现文章中的分析而倒在了数据读入？你是否希望学习空间转录组数据分析却又无从下手？今天，我们就和大家一起来学习多种类型...
-
表达数量性状位点（eQTL）的概念及其相关分析
表达数量性状位点（expression quantitative trait locus, eQTL）是一类能够影响基因表达量的遗传位点（大部分都是单核苷酸多态性，SNP），...
-
transvar变异坐标转换 - Linux篇坐标转换困境 一些公开发表的论文中及很多数据库中经常提到变异，一般变异的表现形式有三种：1）基因组坐标：2）cDNA 坐标；3）蛋白氨基酸坐标。举个例子TP53上的某个变异的...
-
当红辣子鸡-空间转录组与单细胞转录组的整合分析（上篇）
作者：尧小飞审稿：童蒙编辑：amethyst 空间转录组技术发展史 如果说最近什么最红火，那一定是奥运会，今年的奥运会从开始到现在就一直吸引着国人的注意，奥运会的精彩让我差点...
-
【小工具】按比例截取fastq数据量
生信需求： 你有fastq文件，想按照5%，10%，20%，40%，60%，80%，截取fastq的数据量，或按照固定一个自定义比例截取数据量。 特点与功能： 1，随机截取，...
-
STOmics-seq：Stereopy教程（二）本期内容展示Stereopy的Cell Bin的处理，即bin1的时候的教程 一、代码教程 1、读取数据生成 StereoExpData 对象 2、质控 3、过滤，根据QC部...
-
STOmics-seq：Stereopy教程（一）一、背景介绍 大家其实对华大测序的原理什么的都知道，但是以下概念是比较重要的，什么是DNB，bin，我们怎么选择binsize的大小等问题就至关重要了。首先解释以下DNB和b...
-
时序RNA-Seq差异表达分析软件比较提到RNA-Seq差异表达分析，人们首先想到的是两个实验条件下的差异表达，比如说癌组织与癌旁等。但有时候研究人员想要探究某种实验处理方法在不同时间下对目标产生的影响，就会出现...
-
运行Rmarkdown的一个报错，关于pandoc
使用Rmarkdown生成html文件非常实用，但是如果在Rstudio进行的话会有一段时间不能操作界面。今天我尝试在linux系统用R命令行进行这个步骤，使用如下命令： 但...
-
NCBI官方基因组坐标转换工具(二)不同版本基因组坐标的转换，常用的方法有： 1. NCBI的 Remap 参见上一篇文章 ： https://www.jianshu.com/p/41e5280f59c3 2....
-
三代变异检测操作说明-DeepVariant
作者：Charon审稿：童蒙编辑：amethyst 众所周知，三代测序的单碱基测序错误率远远高于二代测序，PB的单碱基错误率有10-15%，而ONT也有5-20%[1]，那么...
-
Variant Effect Predictor： Ensembl VEP的安装、配置和使用
软件说明 Ensembl VEP是一款突变注释文件，但是相关的配置比较困难。这次我们使用conda进行安装，可以跳过繁琐的环境配置过程。http://asia.ensembl...
-
converting a hg19 refGene.txt to GTF
ref:Genes in gtf or gff format - genomewiki 1. Download your gene set of interest for h...
-
python-docx改变表格字体大小
最近在尝试用python来自动从csv文件获取数据并生成word报告。遇到的一个问题是表格字体太大，想要缩小。爬网半天，找到的中文资料要么没怎么提及，要么说中文没法设置字体大...
-
samtools flagstat 统计结果的理解
比对结束后，需要了解比对结果的情况，可以采用samtools flagstat进行统计samtools flagstat统计bam文件比对后每一个参数的解释如下： 如果有些结...
