1. 环境准备 pythongff3文件：https://www.gencodegenes.org/human/release_19.html[https://www.gen...
IP属地：云南
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染色体位置如何注释到基因名 -
医学搬瓦工一枚，及时记录所学知识
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群体遗传研究——变异注释--snpEff和ANNOVARsnpEff snpEff4.0软件之后默认下载安装所有动物的库（ensembl的库） 但是ensembl的库有个缺点就是注释出来的基因是ensemblid，我们也不认识它是...
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二代群体遗传与重测序（下）五.种群历史与基因交流 书接上回https://www.jianshu.com/p/0147afc3334c[https://www.jianshu.com/p/0147af...
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SMC++计算历史有效群体含量（自用）
1转为SMC++输入格式 首先对VCF文件进行bgzip压缩和建tbi索引 2分析 3画图 部分内容参考官网https://github.com/popgenmethods/...
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ROH-sliding-window-based run detection
进入文件数据文件夹和激活conda cd /cd /mnt/d/peng/goat/sixregionsconda activate seletionRlibrary(det...
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笔记：按照不同的ROH长度计算Froh（利用R包detectRUNS没能成功，故通过脚本实现）
首先在计算Froh所需要的文件是利用detectRUNS包计算得到的ROH的长度分布数据 然后我想筛选出那些长度较长的ROH片段，单独计算Froh 由于个体数较多，所以想利用...
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群体选择信号分析群体进化与选择信号：●生活在世界不同区域的生物群体在历史长河中经历千万年的自然选择、人工驯化、迁徙、遗传漂变等事件的洗礼，有的物种灭绝，有的物种分化出不同的亚种或亚群,甚至逐...
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2021-01-04根据SNP验证自然选择—XPEHH分析转载自https://mp.weixin.qq.com/s/1IM6KSCGIq0cUJhKKXVcIw 背景 选择清除分析是常用于鉴定群体基因组水平受选择区域的一种方法，其...
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XPEHH
前期准备： 1 beagle填充，还有所谓的phasing（windows 版本） java -jar beagle.08Feb22.fa4.jar gt=B1B2.vcf...
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大家好，我叫杨俊伟，现就读于中国农业大学，在读博士，主要从事生物信息学方面工作。<br><br>人生格言：Take pains, be perfect
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使用ADZE计算allelic richness (Ar) 和 private allele richness (pAr)0.写在前面 软件官网：https://web.stanford.edu/group/rosenberglab/adze.html[https://web.stanford....
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ROH分析流程及各种参数的选取1前言 ROH参数的设置越看越复杂《How to study runs of homozygosity using PLINK? A guide for analyzing ...
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ROH分析及热点区域计算0写在前面 脚本方面充斥着CHATGPT，复制粘贴。尽管每个步骤都实际运行过，但因为是一边实验一边写，难免存在错误各种排版，细节问题懒得细抠了这篇文章又被锁定了 1.文件处理...
