发简信
IP属地：黑龙江
-
重新进行配对方案的评估（参数计算全部流程-以78只个体的基因组vcf.gz文件和方案制定思路探讨）目标：这篇文章将重新进行配对方案的评估，记录详细的数据处理过程，计算参数包括Het、亲缘系数R、Froh、配对ROH消除概率、遗传负荷、配对实现...
-
个体识别、亲子分析、个体溯源将汇报所用到的分析脚本和绘图脚本进行整合 1.个体识别基因组相似度热图 2.个体识别深度降低造成准确度下降箱线图和散点图 3.4 计算位点的平均...
-
思路整合
亲缘系数的计算原则就是利用两个个体之间共享等位基因的程度。因为亲缘系数计算的是两个个体之间的关系，那么它与个体杂合度的关系就不能建立，我想暂时建...
-
进行各项指标之间的相关性分析
1.下载数据脚本 2.进行ROH的计算 2.计算het 3.计算load LOF分析 个体之间平均杂合度计算脚本 个体之间亲缘系数计算 个体之间...
-
利用LD连锁不平衡指标计算当前种群有效种群规模根据华南虎的谱系，我得到了每个华南虎个体所属的世代，我将老虎按照各自的世代进行分群，分析随着世代的增加，各项遗传参数的变化 1.计算当前有效种群...
-
开题报告之前下游数据分析全流程将整个数据处理流程进行汇总 1.通过阅读文献，了解到进行LD修剪要谨慎，建议提高ROH检测的严格标准来纠正由LD引起的假阳性ROH 2.比较Fp...
-
遗传距离
遗传距离是用来量化两个或多个个体、种群或物种之间的遗传差异的一种测度。它反映了在基因水平上它们之间的差异程度。遗传距离的计算可以基于不同的遗传标...
-
利用ROH进行配对方案制定初步思路探索头脑风暴
已经有的结论：1.我已经分别计算出了部分个体建立配对后预测ROH相交区域产生后代的基因型并计算预测后代基因型能否进一步生成ROH（即计算了亲代R...
-
更新头脑风暴以后如何分析ROH的保留和固定
思路： 1.拟配对个体ROH片段取交集2.提取出交集的染色体编号和位置坐标3.从总vcf文件中提取出拟配对个体的vcf文件4.根据第2步中的染色...