0. STAR下载 下载2.6.1b版本的STAR wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.6.1b.tar.gz...
发简信
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参考基因组下载和构建STAR索引（人源） -
【Hi-C】交互频率与距离衰减曲线绘制参考： 发现AB区室 09 science Comprehensive mapping of long range interactions reveals folding ...
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如何使用Juicebox 对juicer和3dDNA运行后的HiC结果进行可视化编辑推荐首先研读官方github教程 Juicebox Assembly Tools[https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki/Juic...
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生信小工具: Bedtools使用教程(1)
最近要处理一些基因注释的文件，要用到bedtools这款经典的软件，在慢慢接触到这款软件才发现其功能的强大之处，在接下来的几个星期内将会大家一起入门并且学习掌握使用bedto...
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UCSC官网下载TSS.bed文件1.进入UCSC官网（ 2.进入table browser工具后进行选择： track里可以选择NCBI RefSeq或者UCSC gene，这里选了NCBI group一般...
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【基因组学】提取基因的启动子序列
写在前面 通常我们碰到的是，根据gff文件提取cDNA序列，这个比较容易满足，但是有时候我们需要构建native promoter 载体的时候，就需要提取cDNA前面的序列，...
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「 bedtools 」提取上游+gene+下游序列
1、bed文件格式介绍 BED文件每行至少包括chrom，chromStart，chromEnd三列必选;另外还可以添加额外的9列可选，这些列的顺序是固定的(之前一直以为时第...
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2021-01-27 启动子相关知识点概念 启动子（promoter）：与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。初步分析时，一般选择上游2 kb，下游 500 nt，也有选上下游各1 kb的。获取正链或负链...
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smart-seq2 实践单细胞转录组：smart-seq2 参考资料： Smart-seq2 scRNA小鼠发育学习笔记: https://www.jianshu.com/p/23a8fcb1292...
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技术 | 单细胞转录组测序之Smart-seq2Smart-seq2 Smart-seq是由路德维格癌症研究所的 Rickard Sandberg实验室[http://sandberg.cmb.ki.se/]所开发的一套在...
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NCS质感图表：Seurat单细胞DotPlot函数基因表达气泡图修饰关于单细胞气泡图的做法，我们写过很多很多，但是这些图基本上都是利用Seurat提取了数据，然后在ggplot2中完成的。因为Seurat包中的DotPlot函数的底层就是gg...
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基因组重复序列检测：RepeatMasker的安装及使用RepeatMasker是重复序列检测的常用工具，通过与参考数据库的相似性比对来准确识别或屏蔽基因组中的重复序列，属于同源预测注释的方式。下文除了RepeatMasker的使...
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各种HIC处理数据之间的相互转化
各种HIC处理数据之间的相互转化 目前HI-C数据研究比较火爆，出现了各种各样的工具来分析HI-C。这些工具各有优缺点，而且对应的有不同的下游处理工具。但这些工具的结果数据格...
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Hi-C分析练习（从fastq文件到contact矩阵）最近纽约复工，因为每天要做实验（还得全程戴口罩，非常闷得慌），比不了之前每天都在家可以为所欲为的自学生信，所以更新也少了很多~ Hi-C的技术相关背景学习笔记我在之前有写过（...
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最全Bedtools使用说明--只看本文就够了1 Bedtools:一个强大的基因组算法工具集 Bedtools是由犹他大学昆兰实验室开发的基因组算法工具集，它堪称是基因组分析工具中的瑞士军刀。Bedtools可以对基因...
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IGV 导入本地基因组及注释文件IGV软件有自带的基因组文件和注释文件，使用自带的还是方便一些。但是，其使用的注释文件和基因组文件可能与我们数据分析时的不一致，这时候我们可视化bigwig文件或者bam文件...
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综述 | formative多能性:发育连续体中的关键阶段 Formative pluripotency: the executive phase in a developmental cont...Formative pluripotency: the executive phase in a developmental continuum - PubMed (nih....
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R 数据可视化 —— ggsci 配色前言 在绘图时，如何搭配颜色，是一个很让人头疼的问题。今天要介绍的包 ggsci 能大大减轻我们的负担。 ggsci 提供了很多高质量的颜色搭配，其灵感来自于各种 SCI 杂...
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单细胞转录组基础分析二：数据质控与标准化
本文是参考学习单细胞转录组基础分析二：数据质控与标准化[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIyMzMwNDQ2MA==&mid=22474...
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