0. STAR下载 下载2.6.1b版本的STAR wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.6.1b.tar.gz...
发简信
IP属地：上海
-
参考基因组下载和构建STAR索引（人源） -
【Hi-C】交互频率与距离衰减曲线绘制参考： 发现AB区室 09 science Comprehensive mapping of long range interactions reveals folding ...
-
如何使用Juicebox 对juicer和3dDNA运行后的HiC结果进行可视化编辑推荐首先研读官方github教程 Juicebox Assembly Tools[https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki/Juic...
-
生信小工具: Bedtools使用教程(1)
最近要处理一些基因注释的文件，要用到bedtools这款经典的软件，在慢慢接触到这款软件才发现其功能的强大之处，在接下来的几个星期内将会大家一起入门并且学习掌握使用bedto...
-
UCSC官网下载TSS.bed文件1.进入UCSC官网（ 2.进入table browser工具后进行选择： track里可以选择NCBI RefSeq或者UCSC gene，这里选了NCBI group一般...
-
【基因组学】提取基因的启动子序列
写在前面 通常我们碰到的是，根据gff文件提取cDNA序列，这个比较容易满足，但是有时候我们需要构建native promoter 载体的时候，就需要提取cDNA前面的序列，...
-
「 bedtools 」提取上游+gene+下游序列
1、bed文件格式介绍 BED文件每行至少包括chrom，chromStart，chromEnd三列必选;另外还可以添加额外的9列可选，这些列的顺序是固定的(之前一直以为时第...
-
2021-01-27 启动子相关知识点概念 启动子（promoter）：与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。初步分析时，一般选择上游2 kb，下游 500 nt，也有选上下游各1 kb的。获取正链或负链...
-
smart-seq2 实践单细胞转录组：smart-seq2 参考资料： Smart-seq2 scRNA小鼠发育学习笔记: https://www.jianshu.com/p/23a8fcb1292...
