在umi框架中，图片等静态资源主要放到三个地方：1.在/pulbic目录下，一般放共享资源。2.在/src/assets/目录下，一般放全局静态资源。3.在/src/page...
发简信
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在umi中如何访问静态资源
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如何将多个生存分析曲线图片进行合并拼图survminer包的ggsurvplot()函数可以画好看的生存分析曲线，也可以用分面的方法分面绘制多组图片（教程可以见我以前给生信助手上的一个小建议「凌云34」Multi...
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生存模型的time C-index 计算与绘图0.Time C-index C-index 是一致性指数，与AUC值一样是评价模型预测能力的指标，在预后模型里，time-ROC很常见，Time C-index却不咋常见，...
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如何用R语言做差异代谢物的kegg富集分析编写：王采荷 感觉已经很久没有在简书上分享自己的东西了，今天在集合其他大佬的力量终于把“如何用R语言做差异代谢物的kegg富集分析”这个问题给解决了。我决定将这个过程分享到简...
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「r<-包」使用 sigminer 进行突变模式分析突变模式分析（Mutational Signature Analysis）已经逐步成为变异检测后一个通用分析，这篇文章简单介绍如何使用 sigminer 进行突变模式分析，以...
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COSMIC数据库介绍——癌症研究者必看这是Sanger 研究所 2018 年 发表的在《Nucleic Acids Research》上的关于COSMIC v86 新版本的一篇文章，对 COSMIC 数据库功能和...
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原来如此，感谢解释~
参考基因组中的chr*_random和chrUn_*序列如何处理？
在下载人和小鼠基因组做为参考时，大多数可能只留意到了chr1-22，chrY，chrX和chrM的参考基因组序列，于是分别下载了25条染色体序列，合并成一个fasta文件，用...
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参考基因组中的chr*_random和chrUn_*序列如何处理？
在下载人和小鼠基因组做为参考时，大多数可能只留意到了chr1-22，chrY，chrX和chrM的参考基因组序列，于是分别下载了25条染色体序列，合并成一个fasta文件，用...
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【生信】EDirect的安装和使用
上次写过一篇批量下载基因组的文章，使用的方法是从NCBI一个网站上搜索，下载文件里提取ftp网址，然后再用wget批量下载的。（传送门：【生信】利用shell批量下载NCBI...
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GATK4-Mutect2-FilterMutectCalls
最近在搭建大panel（528基因）Tumor-Normal样本分析的管线，用的是GATK4-Mutect2工具。 1.GATK4用到的数据库（b37） 2.Mutect2 ...
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分析ABSOLUTE数据结果
在解析ABSOLUTE软件一文中我简单介绍了ABSOLUTE软件，因为ABSOLUTE解的多样性，这篇文章主要聚焦于ABSOLUTE结果的解读，对象是结果图。 主要的参考资料...
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【数据库-7】ExAC数据库
欢迎关注公众号oddxix 如果觉得写的不错记得点个赞，谢谢支持~ 1.简介 官网：http://exac.broadinstitute.orgExAC数据库的全称是（the...
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GATK4插件Mutect2参数解析作者按 最近在准备着换一个职业赛道，所以在做之前所有项目的回溯，遇到了最最基础的SNV+Indel的流程，给别人重新讲了一遍Mutect2的过滤规则和参数选择，发现这个，含金...
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GATK4+mutect2 call somatic mutation
最近看了GATK的网站，以前经常用GATK call somatic mutation， 但是用的版本太老了，另外服务器最近换了盘，很多代码路径都变了，网上关于GATK4的教...
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Q30与Phred值转录组测序数据中，经常会出现Q30或Phred值，它们究竟是什么含义？ Q30表示一个碱基的质量值，也表示该碱基错误率百分比。Q30指碱基质量值为30，错误率为0.1%，正确...
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GATK 4.1.4.0 CreateSomaticPanelOfNormals最近在做blood tumor paired外显子分析流程，看了一下GATK的论坛，在关于用对照样本作过滤的问题上，曾经的设置质量参数作硬性过滤条件的方法已经out，现在GA...
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差异基因|Limma安装和使用
介绍 常用的差异基因分析软件主要有DESeq2、edgeR以及Limma。其中，DESeq2适合有重复的样本(官方推荐4个以上)，edgeR可以实现单个样本的差异基因分析。但...
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突变癌症驱动基因概要# No.1 今天给大家分享的是西班牙巴塞罗那加泰罗尼亚研究Núria López-Bigas于2020年发表在Nature Reviews Cancer(IF:60.716...