张红祥，中国科学院植物研究所。<br>交流，分享。
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序列比对软件 MUMmer 结果可读化处理（四）
关于该软件的计算可选参数以及结果文件的解读，见前三篇分享： 序列比对软件 MUMmer 快速上手（一）[https://www.jianshu.com/writer#/not...
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主成分分析-PCA图的优化（R语言）
R语言的主成分分析（PCA）详解和带聚类的PCA图绘制 最近有个老师在整理文章数据，由于分组较多，想展示PCA图，说明不同分组的差异，公司默认给出的PCA图比较朴素，想做的好...
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rehh：单倍体/单倍型群体间选择信号分析（基于selective sweep）本文介绍的方法都是基于Extended Haplotype Homozygosity (EHH)概念，由SABETI 等人在 2002年提出。简单来说，根据selective...
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@一一_fa1c 不害意思哈，好久没登陆啦~ 跑出来就行，棒！
Orthofinder运行结果文件解读
OrthoFinder结果文件 运行标准OrthoFinder会产生一系列文件：直系同源组、直系同源、基因树、物种树、基因复制事件、比较基因组学数据。结果文件在所分析物种的....
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生信-爬虫 | 异步爬取网页表格数据写在前面 前段时间，师姐让爬取一些LncRNA的一些信息，具体在下面的网站中：LncBook：https://ngdc.cncb.ac.cn/lncbook/lncrnas[...
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nextflow中文文档（4）: 流程/进程（Processes）
Processes 在Nextflow中，process 是执行用户脚本的基本处理primitive。 进程定义以关键字 process开始，接着是进程名，最后是用花括号分隔...
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nextflow中文文档（3）：Nextflow脚本（Nextflow scripting）
Nextflow scripting Nextflow脚本语言是Groovy编程语言的扩展。Groovy是用于Java虚拟机的强大编程语言。Nextflow语法专门用于以声明...
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nextflow中文文档（2）：基础概念
基础概念 Nextflow是一个响应式工作流框架和编程DSL[https://en.wikipedia.org/wiki/Domain-specific_language]，...
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nextflow中文文档（1）：开始使用
系统要求 Nextflow可以用于任何POSIX兼容系统(Linux, OS X等)。它需要安装Bash 3.2(或更高版本)和Java 8(或更高版本，最多15)。在计算机...
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ubuntu下载安装ffmpeg
ffmpeg官网指路：https://ffmpeg.org/download.html[https://ffmpeg.org/download.html]
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@major简 多谢多谢，问题已经解决了。两个因素都会导致，一个是LAST的版本问题（conda安装的版本较老），另外一个就是文件格式了，这两个我都碰上了😂
「JCVI教程」如何绘制CNS级别的共线性图（上）
本教程借鉴https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version). 我们先从http://plants...
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简书markdown里如何打对勾
Unchecked(使用时去掉空格)UncheckedChecked(使用时去掉空格)Checked& #9744;☐& #9745;☑××& #10004;✔& cross...
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差异甲基化分析R包methylkit、DSS和dmrseq的比较
前言 首先，对3个R包进行简单介绍。methylkit：用于高通量亚硫酸氢盐测序的DNA甲基化分析和注释的R包。该包的目的是处理RRBS以及WGBS的测序数据。此外，也可以处...
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Docker封装生物信息学甲基化流程
CpG CHG CHH含义p代表磷酸二酯键，CpG指的是甲基化的C的下游是1个G碱基。H代表除了G碱基之外的其他碱基，即A, C, T中的任意一种，CHG代表甲基化的C下游...
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本科毕业于浙江大学，硕士毕业于复旦大学，浙大读博ing。<br>如果没有及时回复可以发送邮件：jlyq617@gmail.com
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@Gabriel_0a3d 请问你解决这个问题了吗？ValueError: A total of 0 anchor was found. Aborted.
「JCVI教程」如何绘制CNS级别的共线性图（上）
本教程借鉴https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version). 我们先从http://plants...
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请问解决了吗？我也遇到这个情况了
「JCVI教程」如何绘制CNS级别的共线性图（上）
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python读取txt文档或者excel文件内容，转换为字典
方法一 这个方法适合1个key对应多个value的情况，也适合1个key对应1个value的情况。简单来说就是你的文档有多列或者只有两列数据。 方法二 这个方法仅适合1个ke...
