前言 染色体外环状DNA(extrachromosomal circular DNA，eccDNA)，一个科研界的新起之秀，随着国际学术期刊《Nature》[1][#fn...
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Circle-Map 保姆级教程
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火爆的染色体外环状DNA(eccDNA)研究，你关注了吗？
2019年，接连3篇高水平染色体外环状DNA的研究论文引爆了这一几十年前就已发现的一种存在于染色体外的DNA形式的研究热潮。当然，不仅仅文章的发表，这一研究方向能够得到如此多...
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时序RNA-Seq差异表达分析软件比较提到RNA-Seq差异表达分析，人们首先想到的是两个实验条件下的差异表达，比如说癌组织与癌旁等。但有时候研究人员想要探究某种实验处理方法在不同时间下对目标产生的影响，就会出现...
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转录组时间序列数据处理针对转录组数据，平时分析中最常见两组之间的比较，比如不同处理或者不同突变体。面对这样的数据用用 DESeq2 或者 edgeR 基本就差不多。如果样本量或者不同条件很多的话可...
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GATK4检测胚系突变(SNV&Indel)Identifying genomic variants, including single nucleotide polymorphisms (SNPs) and DN...
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GATK 4.1.7.0 call SNP
GATK4.0之后和之前的版本存在较大差异，因此需要使用特定版本来call变异时需要有较大的改动，call变异的过程更趋向于流程化。 首先是软件安装 在github中下载ga...
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bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程call SNP GATK bwa+samtools 参考文档 一、原始数据处理 测序得到的RAW DATA，使用NGSQCToolkit进行过滤$PATH/Il...
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已知没看出来dd-RAD与SLAF到底啥区别？
群体遗传学习笔记-测序技术学习
重测序技术简介 全基因组重测序(Resequencing)是对已知参考基因组序列的物种进行不同个体间的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。通过全基因组重测序，...
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这个神奇的东西，没发文章，一直更新，没几个人用，但是用过了就发现真神器
生信小工具专题：BBTools/BBMap Suite 的使用 (1)
不会编程的小白通常会烦恼怎样去处理一些简单的数据统计，不要紧其实日常我们用到百分之80以上的数据统计分析，都已经有人帮我们将轮子造好了，只要我们学会怎样利用好这些工具，很多事...
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miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】该教程分为2部分，第1部分在：miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】 到此时，原始...
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miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】该教程分为2部分，第2部分在：miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】 因为之前碰到...
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multiple whole genome alignment写在前面：在上亿年的进化历程中，基因组经历了大大小小的改变。从小的核苷酸突变、插入、缺失到大的基因缺失、重复、基因组重排和水平基因转移。基因组比对可以通过比对序列中的同源区域...
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STEM软件分析基因表达模式最近有一批转录组数据，其实不是时间序列的数据，而是从低到高有4个梯度的Al浓度处理的数据，每个三个重复，共有12个数据，想着看一下4个梯度处理下基因表达的模式，使用了STEM...
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转录组中的基因表达模式聚类分析
欢迎关注”生信修炼手册”! 实验设计对于转录组数据的分析是非常重要的，对于常规的case/control实验设计，通过两组间的差异检验就可以得到不同条件下的差异基因；对于多组...
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插件 | 超快！全基因组共线性分析写在前面 伴随着越来越多的全基因组序列公布，比较基因组分析已然常规生信数据分析技能。MCScan 是最为常用的软件之一。久前，TBtools 已经将该软件打包，同时开放了一键...
