前言 染色体外环状DNA(extrachromosomal circular DNA，eccDNA)，一个科研界的新起之秀，随着国际学术期刊《Nature》[1][#fn...
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火爆的染色体外环状DNA(eccDNA)研究，你关注了吗？
2019年，接连3篇高水平染色体外环状DNA的研究论文引爆了这一几十年前就已发现的一种存在于染色体外的DNA形式的研究热潮。当然，不仅仅文章的发表，这一研究方向能够得到如此多...
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时序RNA-Seq差异表达分析软件比较提到RNA-Seq差异表达分析，人们首先想到的是两个实验条件下的差异表达，比如说癌组织与癌旁等。但有时候研究人员想要探究某种实验处理方法在不同时间下对目标产生的影响，就会出现...
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转录组时间序列数据处理针对转录组数据，平时分析中最常见两组之间的比较，比如不同处理或者不同突变体。面对这样的数据用用 DESeq2 或者 edgeR 基本就差不多。如果样本量或者不同条件很多的话可...
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GATK4检测胚系突变(SNV&Indel)Identifying genomic variants, including single nucleotide polymorphisms (SNPs) and DN...
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GATK 4.1.7.0 call SNP
GATK4.0之后和之前的版本存在较大差异，因此需要使用特定版本来call变异时需要有较大的改动，call变异的过程更趋向于流程化。 首先是软件安装 在github中下载ga...
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bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程call SNP GATK bwa+samtools 参考文档 一、原始数据处理 测序得到的RAW DATA，使用NGSQCToolkit进行过滤$PATH/Il...
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miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】该教程分为2部分，第1部分在：miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】 到此时，原始...
