需求 和这一篇的需求一致，不同公司的芯片原始数据处理方式也不同，最终都是为了得到表达矩阵，今天介绍的是illumina beadchip 芯片，用神奇的limma搞定它。找不...
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illumina beadchip 芯片原始数据处理 -
快捷查找KEGG里的通路和基因
需求 1.快捷查找ID对应的description，知道通路对应的编号是多少。2.找出某一个/几个通路里的全部基因，用来做单独的下游分析。 如果是要做KEGG的富集分析，cl...
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让TCGA表达矩阵和临床信息方便的匹配
0.背景 关于样本id和分组信息：TCGA的样本id里藏着分组信息[https://mp.weixin.qq.com/s/UohDh5fHkTPlwNp43ivWHg] TC...
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简单高效滴处理R语言里的小数
举个栗子 这是一组随机数，假如需要把这样的一组数字放在图里，是需要整齐统一的显示出来。基本上有两种思路，一是保留相同的位数，二是用相同格式的科学计数法表示。 方法一：统一保留...
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哦，走开，你这个可恶的离群值1.离群值是啥子[http://222.70.95.243:6893/files/tmp/%E7%A6%BB%E7%BE%A4%E5%80%BC%EF%BC%8C%E6%88...
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按照热图聚类结果来给样本分组1.需求 如图，热图自带聚类树，将样本(列)分成了三个簇。想要按照聚类的结果，获取到 的信息，并将这个信息添加到热图上。 2.作图的数据 输入数据是个表达矩阵，行为基因，列为...
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emapplot-原来能用的函数，现在报错了肿么办emapplot是富集分析可视化的一种，展示有共同基因的通路，详见：https://www.jianshu.com/p/c45cc2e3890f[https://www.ji...
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让我们荡起双桨，重新认识一下p值在正文之前先分享一点生活故事： 上周天傍晚，我闪着腰了，躺了一晚上不见好，发朋友圈寻医问药了： 因为做的是生信分享，我朋友圈里医学生和医生非常多，我想看他们怎么说。我收到了几...
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相关性系数和它的朋友们本文内容是基于statquest-协方差与相关系数的学习笔记，介绍协方差、相关系数和R^1三个统计量，并添加了R语言实现，我知道一写统计学就会阅读量暴跌，没人看就当写给自己看...
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上下调基因分别富集，也能一起画图双向富集分析图 1.需求 上下调基因分别富集分析，把结果放在一张图上: 2.示例数据和r包准备 模拟的是kegg的富集结果，编了一个数据。p是p值。画图的时候用-log10(...
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即使你不normal，平均值也normal--神奇的中心极限定理0.写在前面 统计学知识刷起来。其实这又是一个系列，晦涩难懂没人看的那种。但这样的知识确实非常有价值，能够带给我以及认真学习的读者们实打实的进步，所以不管阅读量高低，我都写。...
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披着ggplot皮的pheatmap,深夜激动更新我的包0.写在前面 从我学生信开始，画热图用的就是pheatmap，有时复杂化的需求会用到ComplexHeatmap。作为R语言画图的绝对霸主，ggplot2的热图却无法在热图的...
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KEGG、GO富集分析与GSEA并不是二选一最广为人知的富集分析做法是把上调、下调基因分别或者合并，拿来做GO和KEGG富集分析。经常有一些数据集，拿差异基因做得不到结果，那是因为确实富集不到任何通路，是正常的。不妨试...
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你知道韦恩图管谁叫大哥不？临近国庆节啦，花花9月19号上完了9月的线上课，飞回自己家里当废物啦（不要问我为什么不带豆豆，回家当废物怎么能带豆豆呢，带了豆豆还怎么当废物呢）何况豆豆是一个要按时按点上班的...
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模型不如意十之八九，可拿出手无二三今天又来开放性讨论啦。最近做了一个TCGA的数据分析，走到最后多因素cox模型构建这一步了，选择了三个基因，对数据集划分了高低风险，C-index值和timeROC计算的AU...
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棒棒糖图，好吃也好用0. 需求 群里看到学员求助一个图，画它。 其实就是个点图加棍，棒棒糖图。找到了示例数据和代码： https://www.r-graph-gallery.com/301-cu...
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单细胞交响乐29-实战十二 10X 小鼠嵌合体胚胎刘小泽写于2020.7.21为何取名叫“交响乐”？因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐1-常用的数据结构SingleCellExperiment单...
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弦图，管他中不中用，反正高大上0.准备输入数据 可以是矩阵 行是一边，列是一边，矩阵正文的数字表示连接的强度。 可以是tidy数据框 一行是一个连接关系，第一列和第二列是要连接的两边，第三列是连接的强度。...
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