需求 和这一篇的需求一致，不同公司的芯片原始数据处理方式也不同，最终都是为了得到表达矩阵，今天介绍的是illumina beadchip 芯片，用神奇的limma搞定它。找不...
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illumina beadchip 芯片原始数据处理 -
快捷查找KEGG里的通路和基因
需求 1.快捷查找ID对应的description，知道通路对应的编号是多少。2.找出某一个/几个通路里的全部基因，用来做单独的下游分析。 如果是要做KEGG的富集分析，cl...
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让TCGA表达矩阵和临床信息方便的匹配
0.背景 关于样本id和分组信息：TCGA的样本id里藏着分组信息[https://mp.weixin.qq.com/s/UohDh5fHkTPlwNp43ivWHg] TC...
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简单高效滴处理R语言里的小数
举个栗子 这是一组随机数，假如需要把这样的一组数字放在图里，是需要整齐统一的显示出来。基本上有两种思路，一是保留相同的位数，二是用相同格式的科学计数法表示。 方法一：统一保留...
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哦，走开，你这个可恶的离群值1.离群值是啥子[http://222.70.95.243:6893/files/tmp/%E7%A6%BB%E7%BE%A4%E5%80%BC%EF%BC%8C%E6%88...
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按照热图聚类结果来给样本分组1.需求 如图，热图自带聚类树，将样本(列)分成了三个簇。想要按照聚类的结果，获取到 的信息，并将这个信息添加到热图上。 2.作图的数据 输入数据是个表达矩阵，行为基因，列为...
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emapplot-原来能用的函数，现在报错了肿么办emapplot是富集分析可视化的一种，展示有共同基因的通路，详见：https://www.jianshu.com/p/c45cc2e3890f[https://www.ji...
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让我们荡起双桨，重新认识一下p值在正文之前先分享一点生活故事： 上周天傍晚，我闪着腰了，躺了一晚上不见好，发朋友圈寻医问药了： 因为做的是生信分享，我朋友圈里医学生和医生非常多，我想看他们怎么说。我收到了几...
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相关性系数和它的朋友们本文内容是基于statquest-协方差与相关系数的学习笔记，介绍协方差、相关系数和R^1三个统计量，并添加了R语言实现，我知道一写统计学就会阅读量暴跌，没人看就当写给自己看...