关键词 批次效应 批次校正 单细胞数据整合 适用背景 单细胞数据由于实验平台或样本等原因会造成不同数据集之间存在批次效应，这种批次效应是人为因素造成的，没有实际的生物学意义，...
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Seurat的三种单细胞数据整合方法汇总（批次校正）2022-05-24
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FindClusters选择多少resolution合适？日常瞎掰 昨天看到一个关于女孩找对象方面的笑话，大概内容是这样的：一个女孩天天为应该找一个什么样的男朋友而纠结，于是这个女孩便向大师寻求帮助。 “大师，我应该找一个什么...
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如何用python取单细胞h5ad的子集
由于下载的h5ad文件太大，如果转成Seurat对象总是报错内存不足，所以想按样本对h5ad对象进行拆分。在此之前，首先要下载好scanpy pyhon package 之前...
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基因相关性+药物敏感性分析①高低风险组某基因表达量差异分析 ②药物敏感性分析 安装 pRRophetic 包，首先要安装它的依赖包 依赖包安装成功后，从本地安装pRRophetic压缩包 安装好之后我...
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CIBERSORT 免疫浸润(2023.1.2更新版)目前主流的免疫浸润计算方法是CIBERSORT和ssgsea，今天介绍CIBERSORT。 1.输入数据要什么 下面这段话摘自CIBERSORT的介绍 Importantly...
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【R语言编程】---根据表达量计算mRNA与lncRNA的皮尔森相关系数前言：在构建ceRNA 网络时，需要计算lncRNA 与 蛋白编码gene (pc gene） 间的表达相关性，一般采用皮尔逊相关系数。具体如何做呢？ 首先获得lncRNA...
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如何在散点图里添加特定标签有的时候我们用ggplot2画了图，比如说散点图，那么如何在一堆点里标出我们关注的点呢？ 比如：我想把后两列用散点图表示出来，那么： 如果想改变点的形状，这里是数字对应的形状...
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线性混合效应模型（GLMM）
这两天做项目分析用到了GLMM模型，由于不明白GLMM和我之前学习的线性回归模型有啥区别，就差了点相关资料，今天汇总一下吧。 线性回归 --> 线性混合效应模型 我们知道，线...
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TCGA学习04：建模预测-lasso回归TCGA学习01：数据下载与整理 - 简书 TCGA学习02：差异分析 - 简书 TCGA学习03：生存分析 - 简书 TCGA学习04：建模预测-cox回归 - 简书...
