dropout 与数量生态学中的双零问题十分相似 Zero can arise in two ways: the gene was not expressing any R...
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sc-RNA-seq | dropout 的由来以及处理办法 -
请问怎么看“reads比对到了基因间区”多少呢？最近做了单细胞测序，valid UMI和fraction两个参数都很正常，但是和基因组比对率低才40%（同类样品有80%的），在找原因，麻烦可以给点建议吗
单细胞分析流程之Cell Ranger结果解读
单细胞分析流程之Cell Ranger结果解读 各位小伙伴大家好！ 上期我们说到了Cell Ranger的下载、安装以及常规的使用方法，这期我们就来了解读一下这些结果吧~ 0...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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周运来，男，长大了才会遇到的帅哥，稳健，潇洒，大方，靠谱。一段生信缘，一棵技能树。生信技能树核心成员，单细胞天地供稿人，简书创作者，单细胞数据科学家。
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请问我软件安装后没有右侧的那些元素是怎么回事呢。我是不是缺插件
今天教你绘制信号通路！
人靠衣装，佛靠金装，科研成果靠图装。前两天看到隔壁师姐用ps绘制通路图，脸上只有大写的“为难”二字！现在的科研狗们，不仅要会做实验，还要学会把成果美美的展现出来。 但是要靠自...
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信号通路
今天教你绘制信号通路！
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@小洁忘了怎么分身 非常感谢您的回复，但是有一个问题，我发现序列覆盖率不高，因为我的是受体，很明显只有配体结合区部分构建出来了，后面还有近40%没建出来，所以是不完整的，请问怎么办呢？谢谢！
蛋白质三维结构预测、结果解读与评分
蛋白质三维结构预测，只要有目的基因的氨基酸序列就可以做，不限物种，没有太多要求，可为文章增色。windows版本的VMD软件可在公众号生信星球回复“VMD”获得，且附带软件中...
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闲暇时写写，不追求利益，爱科研，更爱生活
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谢谢，现在对于bootstrap value值理解上好接受点了，某种程度而言，它就是一种在不同replication下的概率重现，是会波动的，但是从它最为一个指标的评价意义上来说，我们是否可以根据bootstrap value值来检验、选择最后使用哪种completion办法，甚至是前期比对好后去头摘帽删除数据程度，或者过程中用哪个model? 有点杂，总之就是，到底是个什么标准可以来衡量我们调的参数是比较ok的呢？
麻烦您看看我的理解对不对，然后麻烦您帮忙解答，这个问题查了好几天了没弄明白。以下是我实验情况：
我建进化树是为了看某基因的系统进化情况，为了尽量避免所说的测序错误等，我直接用某基因的全氨基酸序列做的比对（虽然大部分物种的序列自基因组翻译所得），但少了5’、3’UTR我想会好些？那如果要去头摘帽的我话，要去多少？我试了发现人为可控因素很强，最后建的树的bootstrap value和个别物种基因的聚类就会有差。
另外，请问您对建树时用的“complete/pairwise/partial completion”选择上有什么建议吗？我用NJ法建树，发现选用不同的completion结果会不同，bootstrap 值由大到小为partial>pairwise>complete, 那我要用值最高的partial法吗？谢谢！构建发育树 Bootstrap值
即自展值，可用来检验所计算的进化树分支可信度。Bootstrap几乎是构建系统进化树一个必须的选项。一般Bootstrap的值>70%，则认为构建的进化树较为可靠。如果Boo...
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微生物生态学科研搬砖中．．．
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您好，看了您的贴，想向您求助：我想通过SWISS-MODEL预测蛋白3D结构，得到相似度最高的有57.61%，GMQE和QMEAN也不高分别为0.28，-2.26，但显示是可以用的。问题是
1）请问这个预测结果能用吗？
2）我对比了结果中模板的和我的氨基酸序列图，发现只有一半能对上，还有一半多没有显示啊，所以我都怀疑预测的结构图只有其中一半序列。所以我得用其他软件吗，我有按您给的链接尝试其他的？可否给点建议，最好是不用编程的，太难了，非常感谢！蛋白质三维结构预测、结果解读与评分
蛋白质三维结构预测，只要有目的基因的氨基酸序列就可以做，不限物种，没有太多要求，可为文章增色。windows版本的VMD软件可在公众号生信星球回复“VMD”获得，且附带软件中...
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蛋白质三维结构预测、结果解读与评分蛋白质三维结构预测，只要有目的基因的氨基酸序列就可以做，不限物种，没有太多要求，可为文章增色。windows版本的VMD软件可在公众号生信星球回复“VMD”获得，且附带软件中...
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蛋白质结构预测与分析常用网址（中）
蛋白质三级结构预测方法： 1. 同源模建 homology modeling 2. 折叠识别 fold recognition 3. 从头计算 ab initio metho...
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分子进化树构建及数据分析方法介绍
转自：https://www.plob.org/article/994.html 方法的选择 首先是方法的选择。 基于距离的方法有UPGMA、ME（Minimum Evolu...
