主要分享一些自己的学习过程，以菜鸟干货为主，大家有问题可以在我的博客交流(打赏也是)<br><br>
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利用Juicer v2.0挂载染色体
最近在搞基因组，前面contig的组装难度不大，用wtdbg2、raven、mecat2、flye等组装就可以了。 组装完毕后，contig挂载成染色体，可以采用高密度遗传连...
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不加也能得到
利用Juicer v2.0挂载染色体
最近在搞基因组，前面contig的组装难度不大，用wtdbg2、raven、mecat2、flye等组装就可以了。 组装完毕后，contig挂载成染色体，可以采用高密度遗传连...
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@c5dfd8fa3016 几分钟就可以了
RagTag, 快速锚定config
RagTag, Reference-guided genome assembly correction and scaffolding. 是Ragoo的一个升级，可对cont...
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注意基因名称里不能有. 特殊字符尽量替换成_ 否则很容易报错
jcvi作图二（共线性）
一：数据准备 还是用到上一步生成的ath.aly.anchors和ath.aly.anchors.new文件 1. 创建如下三个文件 seqids: 需要展现哪些序列 lay...
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大神可以写的详细一些，正要学习分子钟计算☺
比较基因组从入门到放弃（4）
今儿来讲一哈利用Paml计算收到正选择的基因因为很多的基因 Ka/Ks 都要小于1 我们用P值来定义是否受到正选择 软件用到的是singularity 的paml 容器 之后...
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膜拜大神，正要进行wes分析
ilus: 这是我写的一个轻量级全基因组（WGS）和全外显子（WES）最佳实践分析流程生成器
不知觉间，距离我写下第一篇关于 WGS 数据分析系列的文章已经过去了三年多（WGS 系列文章[https://mp.weixin.qq.com/mp/homepage?__b...
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ilus: 这是我写的一个轻量级全基因组（WGS）和全外显子（WES）最佳实践分析流程生成器不知觉间，距离我写下第一篇关于 WGS 数据分析系列的文章已经过去了三年多（WGS 系列文章[https://mp.weixin.qq.com/mp/homepage?__b...
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写的真好，请问大神，这些脚本哪里可以下载到？
比较基因组从入门到放弃（1）
记录一下比较基因组一部分内容。 下载相关物种的ref_fa及gff 提取其对应的cds和pep文件 对两个文件进行处理及过滤 运行orthofinder
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不设置染色体
利用3D-DNA挂载基因组
使用二代数据或三代数据得到contig后，下一步就是将contig提升到染色体水平。对于二倍体物种而言，目前3D-DNA应该是组装效果最好的一个软件。 一：工作流程 使用3D...
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大佬，3d-dna组装的染色体数目（n=15）和物种数目（n=24）不一致怎么办？
利用3D-DNA挂载基因组
使用二代数据或三代数据得到contig后，下一步就是将contig提升到染色体水平。对于二倍体物种而言，目前3D-DNA应该是组装效果最好的一个软件。 一：工作流程 使用3D...
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RagTag作为RaGOO的继任者，已经发布了，更新真快
使用RaGOO进行基因组辅助组装
将染色体从contig/scaffold水平提升到chromosome水平是组装的最终目标。我们通常使用遗传图谱，光学图谱，HiC这些技术提供的信息将contig进行排序连接...
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正需要这个软件，太及时了
使用RaGOO进行基因组辅助组装
将染色体从contig/scaffold水平提升到chromosome水平是组装的最终目标。我们通常使用遗传图谱，光学图谱，HiC这些技术提供的信息将contig进行排序连接...
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从fastq数据到SNV | GATK
00 写在前面 仅针对人类WGS或WES数据，供参考。时间管理某一点：能自动化的工作尽量自动化，不要时间用在毫无意义的重复上。脑袋好比肌肉，需要不断提高负重的锻炼才能达到“有...
