水滴石穿，非一日之功 本期内容同时发布于单细胞天地微信公众号。 在进行单细胞分析时，非常重要的一步就是聚类分群，而在这个过程当中经常令人困惑的是如何选择一个合适的分辨率（re...
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单细胞分析——如何确定合适的分辨率（resolution） -
运行软件出现bad interpreter错误的原因及解决办法linux下运行某个软件出现bad interpreter报错，如图1。这个原因一般是使用的interpreter路径出现了问题——安装软件用的interpreter不存在。...
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SJM HPC-SGE 投递任务管理工具简介
HPC-SGE环境下的任务投递方式 HPC指的是高可用计算集群，是相对于单机服务或节点而言的，通过节点或集群间的分布式结构解决任务需求中的高算力、高存储、强动态调节等功能...
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基于Seurat UAMP和celltype的RNA Velocity速率分析的全套流程参考资料：参考生物技能树[https://mp.weixin.qq.com/s/TJsdj7qesZGlvmEkNLAy0A]Velocyto官网Tutorial[https...
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一网打尽scRNA矩阵格式读取和转化(h5 h5ad loom)scRNA矩阵存储的文件格式有10X单细胞测序数据、h5、h5ad、loom：10X单细胞测序数据经过cellranger处理后会得到矩阵的三个文件：matrix.mtx...
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富集分析天花板之ClusterProfiler4说在前面 在国内做生信的小伙伴或多或少都听过一个大名鼎鼎的名字---Y叔，想当初小编初入生信大门时还专门百度查了一下，他就是南方医科大学生物信息学系主任余光创教授。Y叔在国际...
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SCTransform：单细胞样本的标准化Seurat从3.0版本引进了SCTransform这个函数用来对数据做标准化，并且这一个函数可以代替三个函数（NormalizeData, ScaleData, FindV...
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一个R包搞定22种单细胞基因差异分析参考文献：Confronting false discoveries in single-cell differential expression[https://doi.o...
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GetAssayData的使用
1. GetAssayData(ifnb.list$LPBS, assay = "RNA", slot = "data") 得到 Normalized data matrix...
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clustree ： 聚类可视化利器我们知道在研究问题时，分组是很重要的，有分组才有故事可讲。比如，两块田一块施肥一块不施肥，可以做比较嘛。在单细胞数据分析中用到较多的数据分组技术是聚类（clustering）...
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【R>>RColorBrewer】神仙函数colorRampPalette首先声明下面整理的内容都来自于网络，并在文末注明了引用的出处，本内容仅用于学习交流，禁止用于商业用途，如有侵权，请联系删除。目前自己常用的调色R包有： ggsci[http:...
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R语言可视化学习笔记之ggrepel包当我们在图形中添加标签时，标签之间很容易相互重叠，包ggrepel就专门用来解决这个问题！ 首先我们来看看通过geom_text()添加标签时的情形： 可以看到可视化效果不是...
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单细胞转录组||matrix.mtx说明（cellranger与kallistobustools的不同之处）
1. matrix.mtx 做过10xGenomics单细胞转录组的人都知道cellranger的标准输出是三个文件（barcodes.tsv genes.tsv m...
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CytoTRACE——拟时轨迹分析
什么是CytoTRACE CytoTRACE（使用基因计数和表达的细胞（Cyto）轨迹重建分析）是一种计算方法，可根据单细胞 RNA 测序数据预测细胞的相对分化状态。Cyto...
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单细胞转录组流程一：安装运行cellranger及结果解读
单细胞分析流程之Cell Ranger 相信做单细胞的小伙伴对Cell Ranger这个软件都不陌生，我们今天就来了解一下Cell Ranger的安装和使用方法。Cell R...
