发简信
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【生信实战】最详细的非模式物种的GO/KEGG富集分析全攻略
有时候不得不感慨，时间已经来到了2024年的尾声，但是对于许多非模式的物种来说，各种工具、数据集、参考等等依然还在寒冬。今天带大家手动的构建属于...
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【生信实战】从马赛克到4K，极度震撼的Visium HD空间转录组近日10X终于发布了他们拥有亚细胞分辨率的空间转录组产品，并给出了一些列的测试数据。今天带大家进行一些基本的探索与实战 1 数据下载 这里笔者选...
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【生信实战】空间转录组反卷积——带你了解Spot里究竟都有点啥细胞随着空间转录组技术的普及，越来越多的课题开始使用这一技术。当前，以10X Visium为代表的空间转录组技术是目前最常见的技术。然而，10X V...
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【生信实战】scRNA单细胞/ST空间转录组细胞注释完全指导手册随着单细胞技术的发展和普及，越来越多的课题组开始使用单细胞技术进行自己的课题研究。然而，在单细胞的注释上，商业公司提供的流程化注释往往难以满足实...
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GATK太慢？利用GPU加速让WGS/WES分析按分钟交付目前，随着测序成本的降低，越来越多的WGS/WES项目开始普及，也更多的课题组拥有自己的服务器，但是大数据带来的计算缓慢问题也越发凸显。这里和大...
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【生信基础】深入理解FPKM/TPM，只有GTF文件如何将count转为FPKM/TPM相信学习生信的小伙伴不难发现，在定量的时候大多的文章或者公司的结果都有这几种定量的方式：FPKM（RPKM），TPM，CPM(RPM)还有cou...
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【生信实战】只会GO/KEGG，何不试试Reactome数据库进行富集分析REACTOME 是一个开源、放开、人工整理并经过同行评审的通路数据库。目标是为各个通路提供可视化、可解释的分析，以支持基础研究、临床研究、基因...
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【转录组学】如何进行一步到位的fastq到差异分析，kallisto拯救你(一)传统转录组的分析想必大家已经非常熟悉，无非是质控 -> 比对 -> 组装 ->定量 -> 差异分析 -> 差异表达基因功能富集分析这个套路。目前...
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如何在MAC M1芯片上安装R的Bioconductor包苹果的m1芯片已经出到了第二代的m1pro/max版本了，不少同学也是用上了新的macbook，m1芯片的优点我们已经有目共睹。虽然新版本的R的...