有时候不得不感慨，时间已经来到了2024年的尾声，但是对于许多非模式的物种来说，各种工具、数据集、参考等等依然还在寒冬。今天带大家手动的构建属于小众物种的富集分析全攻略。 1...
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【生信实战】最详细的非模式物种的GO/KEGG富集分析全攻略
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@dab0d5db93de 关于这个其实官网提到了，The fq2bam tool requires at least 38 GB of GPU memory by default; the --low-memory option will reduce this to 16 GB of GPU memory at the cost of slower processing.
可以使用--low-memory参数，这样可以在16GB的显存下计算GATK太慢？利用GPU加速让WGS/WES分析按分钟交付
目前，随着测序成本的降低，越来越多的WGS/WES项目开始普及，也更多的课题组拥有自己的服务器，但是大数据带来的计算缓慢问题也越发凸显。这里和大家分享基于英伟达GPU的 Cl...
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免费使用，提供付费的商业支持
GATK太慢？利用GPU加速让WGS/WES分析按分钟交付
目前，随着测序成本的降低，越来越多的WGS/WES项目开始普及，也更多的课题组拥有自己的服务器，但是大数据带来的计算缓慢问题也越发凸显。这里和大家分享基于英伟达GPU的 Cl...
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【生信实战】从马赛克到4K，极度震撼的Visium HD空间转录组近日10X终于发布了他们拥有亚细胞分辨率的空间转录组产品，并给出了一些列的测试数据。今天带大家进行一些基本的探索与实战 1 数据下载 这里笔者选择了10X给到的小鼠的脑组织进...
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单细胞VDJ分析背景知识背景：单细胞VDJ的背景、原理等。 1.为什么做单细胞VDJ？ 理论上生物体内的基因组DNA是完全相同的，除了肿瘤细胞会发生频繁的DNA突变。因此，常规的单细胞研究不用关心D...
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【生信实战】空间转录组反卷积——带你了解Spot里究竟都有点啥细胞随着空间转录组技术的普及，越来越多的课题开始使用这一技术。当前，以10X Visium为代表的空间转录组技术是目前最常见的技术。然而，10X Visium由于技术本身的局限性...
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【生信实战】scRNA单细胞/ST空间转录组细胞注释完全指导手册随着单细胞技术的发展和普及，越来越多的课题组开始使用单细胞技术进行自己的课题研究。然而，在单细胞的注释上，商业公司提供的流程化注释往往难以满足实际的需求，甚至得到牛头不对马嘴...
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GATK太慢？利用GPU加速让WGS/WES分析按分钟交付目前，随着测序成本的降低，越来越多的WGS/WES项目开始普及，也更多的课题组拥有自己的服务器，但是大数据带来的计算缓慢问题也越发凸显。这里和大家分享基于英伟达GPU的 Cl...
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TCGA数据差异分析后生存分析（批量单因素cox回归/Lasso筛选，多因素cox建模，时间依赖ROC曲线及KM plot可视化）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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14高通量测序-edgeR and DESeq2, part2-独立过滤edgeR and DESeq2, part2-独立过滤 过滤低read计数的基因，又名独立过滤(Independent Filtering)。 ...
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空间转录组的几个分析要点及经典文献分享作者，Evil Genius~~ 空间转录组的运用方向：转录、蛋白 ST最适合回答三种生物问题：首先可以阐明组织的细胞类型组成；第二类问题与细胞相互作用有关；最后可以帮助阐明...
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brew lust gcc路径中gcc后面跟着的大版本就是
如何在MAC M1芯片上安装R的Bioconductor包
苹果的m1芯片已经出到了第二代的m1pro/max版本了，不少同学也是用上了新的macbook，m1芯片的优点我们已经有目共睹。虽然新版本的R的新版本和cran上的标准包如g...
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用readxl包里面有read_excel
【R实战】如何优雅智能的画出带标注的火山图
本来说这期是要更新LncRNA鉴定思路的，但是看到上一期人气低迷，就暂时晚点在弄了，这次就来跟大家分享一下火山图 什么是火山图？ 顾名思义，火山图就是一个长得有点像火山的图形...
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已知的直接通过gtf去选择类型为lncRNA的，然后可以用gffread提取已知的序列。当然这个和不同的gtf有关，需要你自己先去观察你的gtf哪类是lnc
【转录组学】LncRNA鉴定思路与软件比较分析
1.非编码RNA简介 非编码RNA是一类被认为不具备编码能力RNA，目前已知的已经有十多种，主要包括了：小RNA(sRNA) <40nt、小干扰RNA、miRNA(18-24...
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一文阐述链特异性测序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?小小的眼睛里，装着……大大的疑惑 全文2800字，伤脑筋…… 今天尝试把自己对于 stranded、reverse-stranded、un-stranded 这个问题的理解给...
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【生信基础】深入理解FPKM/TPM，只有GTF文件如何将count转为FPKM/TPM相信学习生信的小伙伴不难发现，在定量的时候大多的文章或者公司的结果都有这几种定量的方式：FPKM（RPKM），TPM，CPM(RPM)还有count等等，这些究竟该如何使用，...
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【生信实战】只会GO/KEGG，何不试试Reactome数据库进行富集分析REACTOME 是一个开源、放开、人工整理并经过同行评审的通路数据库。目标是为各个通路提供可视化、可解释的分析，以支持基础研究、临床研究、基因组分析、建模、系统生物学等。 ...
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data.table简介
data.table语法介绍 因为这篇文章主要是data.table，所以在详细对比之前，先来介绍一下dplyr的情况 dplyr的优点在于语法优雅，符合人的逻辑，简单易懂；...