这一篇会在 从零开始学CIRCOS绘制圈图(二)基础上开始在circos绘制基因密度信息。为了保证一致性，可以新建如下几个文件 circos.conf: karyotype....
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从零开始学CIRCOS绘制圈图(三) -
10X单细胞空间联合分析解释皮肤损伤后的免疫激活程序好了，这一篇回归我们的主业，分享单细胞空间联合分析的运用，参考文章在Non-lesional and Lesional Lupus Skin Share Inflammato...
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hdWGCNA：单细胞WGCNA分析方法WGCNA原理和分析流程[https://www.jianshu.com/p/9331eb5377d1] 单细胞WGCNA分析方法+随机森林[https://www.jian...
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关于SMART-seq2建库过程中template switching（模板转换）的反应机制的理解今天重读了一遍SMART-seq2的原理，发现自己之前对于template switching的反应过程的理解似乎并不合适，因此便想把自己对于模板转换反应机制的理解写下来，以...
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OrthoFinder寻找同源基因并建树提到寻找物种之间的同源基因，大家一般想到的是OrthoMCL (http://orthomcl.org/orthomcl/） ，OrthoMCL是现在用的最多的一款来找直系同...
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单细胞转录组流程一：安装运行cellranger及结果解读
单细胞分析流程之Cell Ranger 相信做单细胞的小伙伴对Cell Ranger这个软件都不陌生，我们今天就来了解一下Cell Ranger的安装和使用方法。Cell R...
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利用TransDecoder提取转录本CDS、UTR序列
前言：在对miRNA进行靶标预测分析时，需要特定物种的转录本作为靶向的数据库。通常对miRNA预测以3'UTR区域为主，这就需要对转录本数据库进行UTR区域的提取。我在之前写...
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跟着Gut学画图：R语言ggtree包画弦图的简单小例子今天的推文内容是模仿论文 Aberrant gut microbiota alters host metabolome and impacts renal failure i...
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linux版本mrbayes和iqtree跑多基因树基本思路就是利用phylosuite软件下载序列，串联寻找mrbayes和iqtree软件的模型，然后用多线程的mrbayes和iqtree跑树。 1.第一步利用phylos...
