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R语言|转录组样本的PCA和PCoA介绍 通过同一组转录组数据，做PCA和PCoA，看看分组情况。在此之前，我通常使用PCA对样本进行检测以剔除离群样本。但并不确定PCA和PCoA...
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差异基因|火山图介绍 关于ggvolcano包和ggplot2包绘制火山图，以及加标签、修改配色等。获得差异基因列表后，用以进行差异基因分析的数据通常包括包括G...
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BEAST | 内存不足报错序列整理 BEAUti BEAST TreeAnnotator 软件报错 内存不足报错 在运行BEAST时数据集过大，或运行TreeAnnota...
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差异基因|Limma安装和使用
介绍 常用的差异基因分析软件主要有DESeq2、edgeR以及Limma。其中，DESeq2适合有重复的样本(官方推荐4个以上)，edgeR可以...
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多物种无参Trinity组装 | awk样本列表
组装策略 适用于设计多样本多物种的组装。例如100个样本，10个物种。这里如果想直接完成10个de nove组装，需要将所有样本数据放到一起后，...
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Trinity | 报错died with ret 256 at Trinity line 2183.
一直运行很正常的Trinity，突然出现了从未有过的报错，并且是，有的样本报错无法运行，另一些样本可以正常运行。完整报错信息如下： 乍一看，信息...
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linux脚本 | 去除系统发育树的支长和节点信息介绍 系统发育树文件通常带有支长和节点信息，如遗传距离、位点数、支持率、分化时间等等，生成这样的信息一般是通过软件基于序列信息计算得到的。而在某...
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R语言 | 随机生成模拟数据
当你需要一组简单的示例数据用以模拟分析时，除了使用R种自带的数据集，也可以自己通过随机数产生。下列文件展示了一组基于已有数据额外拓展生成两组额外...