轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操 -
单细胞分析实录(13): inferCNV结合UPhyloplot2分析肿瘤进化
这一个分析，我目前只在Nature Communications上面看到过两篇文章，都是2020年发表的。肿瘤进化是单细胞里面做肿瘤内部异质性一个比较创新的角度，我参与的课题...
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系统进化树简介及构建系统进化树学习笔记。 系统进化树简介 系统进化树（Phylogenetic tree）：用一种类似树状分支图形来概括各节点之间的进化关系，节点可以是不同物种、同一物种不同样本...
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10X单细胞数据分析转录因子的前世今生---scenic相信现在很多童鞋都已经分析过了10X单细胞数据了，scenic分析目前也是常见的一种个性化分析了，很多同学都分析过， 今天我们温故而知新，深入理解scenic的分析原理和方法...
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如何优雅展示GO富集结果图片好像加载不出来，可移步：https://blog.csdn.net/qq_38774801/article/details/114952565[https://blog....
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GSEA和GSVA，再也不用去下载gmt文件咯前言 我是在y蜀黍的书里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一个叫msigdbr的包，就是把MsigDB的那些基因集合都R语言化了。那么以后想做G...
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GTEX的数据
UCSCXenaShiny实现基因表达的Pancer(泛癌）展示
UCSCXenaShiny包由我和几位小伙伴共同开发，如果对您有帮助请致谢我们，并引用我们的R包，有什么问题也可以给我们反馈。网址为https://github.com/op...
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读《研究是一门艺术》辛苦地工作，但也有探索的喜悦；有些挫折，但有更多的满足；有困惑的时候，但也有信心一切终会水到渠成。 这本书是写给刚入门学术行业的研究生看的，类似过来人给讲一讲哪里有糖哪里有坑...
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单细胞测序（scRNA-seq）通关||数据处理必知必会单细胞转录组数据分析系列教程 sc-RAN-seq 数据分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jians...
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读《科研团队知识生产模式研究》读书对我来说是一个思考的环境，就像有的朋友隔段时间想去庙里静修一会，书籍像是我闲暇时候的的背景音乐，所以往往读到了什么，读懂了没这些都不是我关心的。我关心的是在这个过程中：我...
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单细胞转录组中的pseudocell又是什么在读郭老师HCL（）文章的时候，有个概念：Pseudocell。 Pseudotime才搞明白，Pseudocell又是什么意思啊，cell还可以Pseudo？我们来看一下原...
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轨迹推断中的细胞周期轨迹推断，顾名思义是推断细胞分化状态的一种方法，然而现行的轨迹推断的方法都不能将周期纳入其中，但是总会有人这样想，然后实现了它。 真的还是有几分的周期的意思，那么它是如何做的...
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PROGENy ||推断通路活性异常细胞信号会引起癌症等其他疾病，并且是常见的治疗的靶点。常可以通过基因的表达来推断某个信号通路的活性。然而，只考虑基因表达对通路的作用往往忽略了翻译后修饰的作用，并且下游信...
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细胞间通讯教程|| cellphonedb 及其可视化细胞配受体通识以及常见细胞分泌信号通路[https://www.jianshu.com/p/df4721d29a91]CellChat：细胞间相互作用分析利器[https:/...
