UCSCXenaShiny包由我和几位小伙伴共同开发,如果对您有帮助请致谢我们,并引用我们的R包,有什么问题也可以给我们反馈。
网址为https://github.com/openbiox/XenaShiny
这个教程用于实现Tumor (TCGA)和Normal (GTEx)基因表达的比较
- 下载开发版本的R包
remotes::install_github("openbiox/XenaShiny")
注意更新所有的R包
- 运行
library(UCSCXenaShiny)
app_run()
之后会在浏览器中出现Shiny的主界面
进入Modules
中的Visualization
输入感兴趣的基因就可以了
我们提供了多种展示功能,可以实现箱型图,并实现统计检验(Mann-Whitney U test, Tumor vs normal)
注:
- 这个过程因为实时下载,所以速度会有一些慢。
- 必须同时打开
show P value
和Show P label
开关才能看到P值标注。 -
单位为 log2(tpm+0.001)。