其实这一部分在前面就已经涉及到一些,不过官网既然把这部分拿出来单独作为一大块讲解,可能也是因为这一部分可供选择的可视化方法有很多。对于图片的优化上也有比较详细的介绍。 官网这...
在R语言中运行Cibersort共需要三个文件,分别是(1)官方提供的22种细胞基因集“LM22.txt”;(2)自己的表达矩阵;(3)Cibersort代码。 (1)LM2...
PMID: 杂志:Frontiers in Cell and Developmental Biology 知识点 FRGs: Ferroptosis-related gene...
1、如果你是直接拿到的R1/R2的fastq文件,那么就直接上cellranger count。氮素,如果你是I1/R1/R2的数据,那就麻烦还要跑个cellranger m...
最近学习了生信菜鸟团的纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度,想复制作者的流程,但是发现了几个不一样的地方,所以重新整理流程,代码主要来自原作者Juan_NF。 文...
目前主流的免疫浸润计算方法是CIBERSORT和ssgsea,今天介绍CIBERSORT。 1.输入数据要什么 下面这段话摘自CIBERSORT的介绍 Importantly...
老师您好,请问最后的显著性为什么要用kruskal.test计算?
CIBERSORT 免疫浸润(2023.1.2更新版)目前主流的免疫浸润计算方法是CIBERSORT和ssgsea,今天介绍CIBERSORT。 1.输入数据要什么 下面这段话摘自CIBERSORT的介绍 Importantly...
将Cox回归分析的结果提取出来,用森林图展示 step1 生成示例数据 生成的df数据框,如下图所示: 包含了病人ID,生存时间,结局事件和50个基因的表达数据。因为都是...
翻译自:http://www.sthda.com/english/wiki/cox-proportional-hazards-model[http://www.sthda.c...