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  • @Jessica_yang 使用默认参数就可以

    DeepBSA的使用介绍

    简介:混池测序分析(Bulked segregant analysis)是一种省时省力、广泛应用于挖掘性状遗传位点的方法,已有多种相应算法被开发出来。包括基于高低池等位基因频...

  • @橡树_f3d2 不好意思,刚看到。不会影响的。

    DeepBSA的使用介绍

    简介:混池测序分析(Bulked segregant analysis)是一种省时省力、广泛应用于挖掘性状遗传位点的方法,已有多种相应算法被开发出来。包括基于高低池等位基因频...

  • 请教,评估的结果跟数据的测序深度有关吗?会不会测序深度越大,评估结果越好

    Merqury评估基因组质量

    一款用于评估基因组质量的新方法 一般用于评估的方法 二代reads 比对率; 偏向于重复序列... BUSCO;仅仅能检测单拷贝 最近,GEnome Biology 发表一新...

  • @橡树_f3d2 目前Linux版本已经释放(http://zeasystemsbio.hzau.edu.cn/tools.html),欢迎下载使用,相应操作在github上(https://github.com/lizhao007/DeepBSA)。VCF太大的另一个方法是先简化VCF,比如分染色体跑,比如每十行只取一行。有时候VCF上千万行太多了,计算和画图都比较慢。

    DeepBSA的使用介绍

    简介:混池测序分析(Bulked segregant analysis)是一种省时省力、广泛应用于挖掘性状遗传位点的方法,已有多种相应算法被开发出来。包括基于高低池等位基因频...

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    一文读懂比较基因组学

    随着基因组测序爆炸性增长,比较基因组学已逐渐成为每个物种尤其是首次被破译基因组的物种的必备研究内容之一。那么什么是比较基因组学呢?比较基因组学是通过对系统发育中的代表性物种之...

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    DeepBSA的使用介绍

    简介:混池测序分析(Bulked segregant analysis)是一种省时省力、广泛应用于挖掘性状遗传位点的方法,已有多种相应算法被开发出来。包括基于高低池等位基因频...

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    利用3D-DNA挂载基因组

    使用二代数据或三代数据得到contig后,下一步就是将contig提升到染色体水平。对于二倍体物种而言,目前3D-DNA应该是组装效果最好的一个软件。 一:工作流程 使用3D...

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    基因组重复序列检测:RepeatMasker的安装及使用

    RepeatMasker是重复序列检测的常用工具,通过与参考数据库的相似性比对来准确识别或屏蔽基因组中的重复序列,属于同源预测注释的方式。下文除了RepeatMasker的使...