轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操 -
新-03.使用SCTransform标准化流程质控降维
具体改进： 使用了Seurat官网更新的最新标准化方法SCTransform v2，此方法在下游注释中可更佳清晰的分辨细胞亚群。 添加了Harmony算法以对样本间批次效应进...
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单细胞测序-EWCE包本文主要目的是确定筛选的差异基因主要富集在哪些细胞中，可查看官方protocol https://github.com/NathanSkene/EWCE 首先，确定ctd数据...
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TRUST4免疫组库分析
作者：Resther审稿：童蒙编辑：angelica 1.背景介绍 人体淋巴细胞主要包括T细胞、B细胞。B细胞约占外周淋巴细胞总数的20%，其主要功能是产生抗体介导体液免疫应...
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全网最全免疫组库分析流程+代码复现（一）
免疫组库（Immune Repertoire，IR） 是指个体在某个特定时间其循环系统中所有多样性的T细胞和B细胞的总和，即V(D)J序列多样性的集合。免疫组库分析是指运用高...
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利用TRUST4从bulk RNA-seq中重构免疫组数据
昨天老师发给我一篇生信女神Shirley Liu的文章，看了里面的内容之后感觉很兴奋～它可以不做免疫组测序，直接从Bulk RNA-seq或者scRNA-seq里面重构得到免...
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有相关性就有因果关系吗，教你玩转孟德尔随机化分析（mendelian randomization ）
流行病学研究常见的分析就是相关性分析了。 相关性分析某种程度上可以为我们提供一些研究思路，比如缺乏元素A与某种癌症相关，那么我们可以通过补充元素A来减少患癌率。这个结论的大前...
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TwoSampleMR 遇到的坑
第一次尝试医学统计常用的MR，我选择了比较多用的R包，TwoSampleMR, 这个包还有一个webApp -- MRbase.所有流程基本和网上可以搜到的一样，这里推荐这个...
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RcisTarget||转录因子结合基序富集RcisTarget准备 1.安装RcisTarget所需要的程序包 另外，可以安装一些其他程序包用来R进行cisTarget的交互式展示： RcisTarget主要输入参数...
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2020-08-19 发表在Cell的单细胞文章如何预处理10X和SmartSeq2数据方法部分还是很有参考价值的 测序至获取细胞 10X测序技术 比对至GRCH38 R包dropletUtils的 函数将真实的细胞同背景RNA表达区分开 拿到细胞后质控 根据比...
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单细胞数据整合-1：Harmony原理介绍和官网教程目录：1. 原理介绍2. 操作演示3. 关于Harmony操作是否会对差异分析产生影响 1. 原理介绍 官网：https://github.com/immunogenomic...
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https://drive.google.com/open?id=1np-EzG7U9W_Fz_SchBrsAhtqE3_rB_H9老师，谷歌云盘seurat2.rda文件下载不下来，能否共享下，谢谢老师
免疫组库数据分析1-scRepertoire
免疫组库基础知识见：单细胞免疫组库：TCR基因重排原理和TCR测序建库方法[https://www.jianshu.com/p/c4896ffadc46] scReperto...
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免疫组库数据分析1-scRepertoire免疫组库基础知识见：单细胞免疫组库：TCR基因重排原理和TCR测序建库方法[https://www.jianshu.com/p/c4896ffadc46] scReperto...
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浅浅的学习历程<br>生信新手，打工人，搬运工。<br>像王子文一样财务自由，才可实现生育自由<br>像李子柒一样把一件事情做到极致，才可实现职业自由
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老师您好，里面的谷歌云盘‘Data_input/csv_files/S01_datafinal.csv’下载不下来，能否分享一下，谢谢
单细胞测序文章图表复现01—读入文件的表达矩阵构建Seurat对象
本文是参考学习 CNS图表复现01—读入csv文件的表达矩阵构建Seurat对象[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1Njk4ODE0M...
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单细胞测序CNS文章图表复现
