轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操 -
新-03.使用SCTransform标准化流程质控降维
具体改进： 使用了Seurat官网更新的最新标准化方法SCTransform v2，此方法在下游注释中可更佳清晰的分辨细胞亚群。 添加了Harmony算法以对样本间批次效应进...
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单细胞测序-EWCE包本文主要目的是确定筛选的差异基因主要富集在哪些细胞中，可查看官方protocol https://github.com/NathanSkene/EWCE 首先，确定ctd数据...
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TRUST4免疫组库分析
作者：Resther审稿：童蒙编辑：angelica 1.背景介绍 人体淋巴细胞主要包括T细胞、B细胞。B细胞约占外周淋巴细胞总数的20%，其主要功能是产生抗体介导体液免疫应...
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全网最全免疫组库分析流程+代码复现（一）
免疫组库（Immune Repertoire，IR） 是指个体在某个特定时间其循环系统中所有多样性的T细胞和B细胞的总和，即V(D)J序列多样性的集合。免疫组库分析是指运用高...
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利用TRUST4从bulk RNA-seq中重构免疫组数据
昨天老师发给我一篇生信女神Shirley Liu的文章，看了里面的内容之后感觉很兴奋～它可以不做免疫组测序，直接从Bulk RNA-seq或者scRNA-seq里面重构得到免...
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有相关性就有因果关系吗，教你玩转孟德尔随机化分析（mendelian randomization ）
流行病学研究常见的分析就是相关性分析了。 相关性分析某种程度上可以为我们提供一些研究思路，比如缺乏元素A与某种癌症相关，那么我们可以通过补充元素A来减少患癌率。这个结论的大前...
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TwoSampleMR 遇到的坑
第一次尝试医学统计常用的MR，我选择了比较多用的R包，TwoSampleMR, 这个包还有一个webApp -- MRbase.所有流程基本和网上可以搜到的一样，这里推荐这个...
