计算相关矩阵(cor()计算结果不提供p-value) 用ggcorrplot包提供的函数cor_pmat() 可视化相关性矩阵 方法为circle 重排矩阵，使用分等级聚类...
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R语言可视化学习笔记之相关矩阵可视化包ggcorrplot -
GeneOverlap: 用于基因Overlap的检验及可视化R包参考学习资料：https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GeneOverlap/inst/do...
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ChIP-seq详细分析流程参考生信技能树1以及生信技能树2只记录从数据下载，到最终结果展示，具体生物学知识请自行查阅稍后关于ChIP-seq的背景知识我会再发布一篇文章。数据下载：数据存放地址关于环境...
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1.基于秩序关系的个体化分析方法前言 批次效应是测量结果中的一部分，它们因为实验条件的不同而具有不同的表现形式，并且与我们研究的变量没有关系。一般批次效应可能在下述情形中出现： 一个实验的不同部分在不同时间...
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差异基因筛选方法：基于基因表达秩序关系识别稳定逆转基因对（代码版）2022.3.20 初版2022.3.28 加入代码众所周知，差异基因的分析方法有很多种：①普通的差异基因计算方法（limma、edgeR、DESeq2等R包）（缺点：针对不...
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R语言可视化（十六）：PCA图绘制16. PCA图绘制 清除当前环境中的变量 设置工作目录 加载示例数据 使用prcomp函数进行PCA分析 使用基础plot函数绘制PCA图 使用ggplot2包绘制PCA图...
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用GDSC数据库的结肠癌细胞系数据来计算基因与IC50的相关性目的是重复上图。 背景知识 氟尿嘧啶：5-氟尿嘧啶在体内转化成氟脱氧尿嘧啶（ FdUMP ）是dUMP的类似物，与胸苷酸合酶发生不可逆的结合，抑制其活性。另外5-FU还可以转...
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可变剪接鉴定软件rMATS的结果文件内容说明是的，本篇不讲解软件的安装使用，因为网上的教程已经非常多了。 但是有关rMATS的输出结果，网上的教程都很少提到，结果应该怎么看？各文件各列代表了什么信息？很多老师或同学们拿...
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TCGA 拷贝数变异（CNV）--Gistic 2.0在线分析（二）
zhuang_gj 3月-11-2021 上一次分析讲了如何整理好Copy Number Segment 数据，这次我们使用GISTIC2.0[https://cloud.g...
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网络药理学基本概念与常用数据库参考：https://www.sohu.com/a/316309297_170798解螺旋 官方 什么是网络药理学 网络药理学是基于药物与药物之间在结构、功效等方面的相似性，...
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R包安利 ① easyPubMed—PubMed利器想让这张图当封面 1.1 关于 easyPubMed 作者是 Damiano Fantini ，2019-03-29 发表，甩链接。 看它的 Title: 搜索和读取 Pub...
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自噬学习六------自噬研究方法工具汇总
自噬研究方法工具汇总 转自Autophagy公众号 细胞自噬 细胞自噬(autophagy)是依赖溶酶体途径对胞质蛋白和细胞器进行降解的一种过程。这个过程可以清除功能异常的细...
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SUPPA2检测差异可变剪切
SUPPA2原理 假设我们已经了解了可变剪切类型:传送门[https://www.jianshu.com/p/9c0f837fcab4]，那么我们有许多检测可变剪切的软件，比...
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复现-jimmy教程之 外显子可视化外显子定量 可视化 DEXSeq包是用来分析RNA-seq实验数据中exon的差异；这里exon的差异指的是由于实验条件导致的相对不同的exon，DEU（By differe...
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RNA-seq 数据分析最佳实战（综述）知识的学习没有一蹴而就，没有捷近，扎实的学习是唯一的捷近。 一篇RNA-seq分析流程的综述，全面而详细！深度好文，可用来反复阅读。初学者用于把握RNA-seq真个流程及各个...
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2021-04-16 泛素-蛋白酶体途径泛素 泛素(ubiquitin，UB)是一类含76个氨基酸、大小约为8.6 kDa的小蛋白质，在真核生物中普遍存在且高度保守。人类基因组中有四个基因编码泛素的基因：UBB，U...
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sORF的鉴定、综述、数据库
sORF的鉴定 华科刘世勇开发的CPPred-sORF[http://www.rnabinding.com/CPPred-sORF/]，可用于鉴定植物的LncRNA和sORF...
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GEO单细胞测序数据生信分析复现复现文章：Analyses of metastasis-associated genes in IDH wild-type glioma数据来源：GSE84465图1 数据筛...
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GEO单细胞测序数据生信分析复现-1复现文章：Discovery and Validation of a Metastasis-Related Prognostic and Diagnostic Biomark...
