计算相关矩阵(cor()计算结果不提供p-value) 用ggcorrplot包提供的函数cor_pmat() 可视化相关性矩阵 方法为circle 重排矩阵，使用分等级聚类...
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R语言可视化学习笔记之相关矩阵可视化包ggcorrplot -
GeneOverlap: 用于基因Overlap的检验及可视化R包参考学习资料：https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GeneOverlap/inst/do...
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ChIP-seq详细分析流程参考生信技能树1以及生信技能树2只记录从数据下载，到最终结果展示，具体生物学知识请自行查阅稍后关于ChIP-seq的背景知识我会再发布一篇文章。数据下载：数据存放地址关于环境...
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1.基于秩序关系的个体化分析方法前言 批次效应是测量结果中的一部分，它们因为实验条件的不同而具有不同的表现形式，并且与我们研究的变量没有关系。一般批次效应可能在下述情形中出现： 一个实验的不同部分在不同时间...
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差异基因筛选方法：基于基因表达秩序关系识别稳定逆转基因对（代码版）2022.3.20 初版2022.3.28 加入代码众所周知，差异基因的分析方法有很多种：①普通的差异基因计算方法（limma、edgeR、DESeq2等R包）（缺点：针对不...
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R语言可视化（十六）：PCA图绘制16. PCA图绘制 清除当前环境中的变量 设置工作目录 加载示例数据 使用prcomp函数进行PCA分析 使用基础plot函数绘制PCA图 使用ggplot2包绘制PCA图...
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用GDSC数据库的结肠癌细胞系数据来计算基因与IC50的相关性目的是重复上图。 背景知识 氟尿嘧啶：5-氟尿嘧啶在体内转化成氟脱氧尿嘧啶（ FdUMP ）是dUMP的类似物，与胸苷酸合酶发生不可逆的结合，抑制其活性。另外5-FU还可以转...
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可变剪接鉴定软件rMATS的结果文件内容说明是的，本篇不讲解软件的安装使用，因为网上的教程已经非常多了。 但是有关rMATS的输出结果，网上的教程都很少提到，结果应该怎么看？各文件各列代表了什么信息？很多老师或同学们拿...
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TCGA 拷贝数变异（CNV）--Gistic 2.0在线分析（二）
zhuang_gj 3月-11-2021 上一次分析讲了如何整理好Copy Number Segment 数据，这次我们使用GISTIC2.0[https://cloud.g...
