五一学了一个新的分析方法-CIBERSORT，这个包其实很早就想学的，因为现在一般的单细胞文章的套路，很难不用到它，那么它能干什么呢？它能够推测出bulk RNA每一个样本中...
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CIBERSORT：反卷积推测bulk中的细胞类型 -
【WGCNA学习笔记】无尺度分布和软阈值使用WGCNA进行分析时，一定会遇到这两幅图，其中有这么几个重要的概念，软阈值，无尺度网络分布。 使用WGCNA分析时，这两幅图肯定会使用到，这两幅图的主要价值就在于寻找软阈...
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WGCNA--WGCNA鉴定出来的模块内基因表达变化为何不一致
鉴定出来的模块内基因表达变化为何不一致 加权基因共表达网络分析简介 加权基因共表达网络分析（Weighted Gene Co-expression Network Analy...
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CNTools 取得 CNV 矩阵CNTools 主要功能是将多个样品 CNV 结果转换成矩阵。 输入数据为 R 包 DNAcopy 的 segment 函数结果。在 TCGA 数据集从 GDC 下载 CNV...
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最全Bedtools使用说明--只看本文就够了1 Bedtools:一个强大的基因组算法工具集 Bedtools是由犹他大学昆兰实验室开发的基因组算法工具集，它堪称是基因组分析工具中的瑞士军刀。Bedtools可以对基因...
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生信地基系列--MACS3 Call peaks随着测序技术的改进，染色质免疫沉淀后的高通量测序（ChIP-Seq）在研究全基因组蛋白质-DNA相互作用方面越来越流行。为了解决缺乏强大的ChIP-Seq分析方法的问题，我们...
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第6篇：重复样本的处理——IDR前言 ATAC-seq/ChIP-Seq中重复样本的处理ATAC-Seq要求必须有2次或更多次生物学重复（十分珍贵或者稀有样本除外，但必须做至少2次技术重复）。理论上重复样本...
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ATAC、CUT&tag生物学重复callpeak笔记表观组数据在call-peak的时候选取的方法还是很多的，这里简单记录一下 1 先call-peak后取peak交集 可以使用 IDR统计一致性较好的peak然后bedtoo...
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技巧 | StringTie 计算 Raw Counts
featureCounts 不用多说，这里主要介绍 StringTie 自带的计算脚本 prepDE.py，介绍如下： 源代码中 prepDE.py 计算 read coun...
