@宇轩_4590 具体是哪些地方报错呢？
完整的单细胞分析流程——理解你的单细胞分析之数据结构背景介绍 Bioconductor项目的主要优势之一在于使用通用数据基础结构，该数据基础结构可实现跨越R包的相互操作性。 用户应该能够使用来自不同Bioconductor软件...
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这部分包含很多内容，且有的很长。 现在不会再去翻译这些插件等的使用了 或许就是当时翻译就是为了以后不翻译
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以术治病，何以医心？
管的病人中一个46岁的中年女人，右前臂和头皮处各有一处包块，我一开始很疑惑，从他的检查报告来看，包块的性质其实定期检查就可以，但是这个病人坚持要切除。这种小包块其实在门诊手术...
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骨关节炎——衰老和骨关节炎1前言 全球寿命的增加反过来又增加了骨关节炎的患病率，而骨关节炎是目前最常见的关节炎类型。骨关节炎期间，位于关节关节上的软骨组织会腐蚀，从而引起疼痛并可能导致患者功能严重丧失。...
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完整的单细胞分析流程——特征（基因）选择
背景 我们经常在探索性分析中使用scRNA-seq数据来表征细胞间的异质性。诸如聚类和降维之类的过程会根据细胞的基因表达谱对细胞进行比较，这涉及将每个基因的差异汇总为一对细胞...
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完整的单细胞分析流程——数据标化（normalization）
动机 通常在单细胞RNA测序数据中观察到文库之间测序覆盖率的系统差异。它们通常是由细胞间的cDNA捕获或PCR扩增效率方面的技术差异引起的，这归因于用最少的起始材料难以实现一...
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@7bd0933dc251 应该是内存不够
单细胞分析seurat包学习笔记2
不同数据集联合分析 选择了通过四种技术产生的人胰岛细胞数据集：CelSeq（GSE81076) CelSeq2（GSE85241），Fluidigm C1（GSE86469）...
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完整的单细胞分析通用流程——质控质控 scRNA-seq数据中的低质量文库可能有多种来源，例如解离过程中的细胞损伤或文库制备失败（例如无效的逆转录或PCR扩增）。这些通常表现为总计数低，表达的基因很少，线粒...
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完整的单细胞分析通用流程——从数据到可视化概述 本章概述了典型的scRNA-seq分析工作流程的框架（图1）。 随后将更详细地描述每个分析步骤。 实验设计 在开始分析本身之前，对实验设计进行一些讨论可能会有所帮助。最...
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完整的单细胞分析流程——理解你的单细胞分析之数据结构背景介绍 Bioconductor项目的主要优势之一在于使用通用数据基础结构，该数据基础结构可实现跨越R包的相互操作性。 用户应该能够使用来自不同Bioconductor软件...
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R数据可视化5:热图Heatmap最近休息了几天。没有来得及更新。今天我们来讲一讲热图怎么绘制 什么是热图(Heatmap) 热图是一个以颜色变化来显示数据的矩阵。Toussaint Loua在1873年就曾...
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与致病癌症相关的代谢通路
1. Akt/PKB Signaling Pathway Akt也被称为蛋白激酶B(protein kinase B，PKB)，是一种分子量约为60kDa的丝/苏氨酸蛋白激酶...
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分析时间序列的RNA-seq tool简介 maSigPro，这是一款可以综合分析时间序列RNA-seq的工具。这款工具最初由Conesa等人于2006年开发，于2014年经Nueda等人进一步优化而得到的 那么...
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分析技术 | 建立预测模型及模型的ROC曲线绘制2020/5/27，受一名同学所托，为他的肿瘤Hub基因分析文章做一个预测模型和模型的ROC曲线、AUC值来验证Hub基因的可靠性。如果Hub基因有意义的话，用Hub基因作为...
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🎨[可视化|R包]ComplexHeatmap学习笔记②Making A Single HeatmapComplexHeatmap学习笔记①Introduction to ComplexHeatmap package Making A Single Heatmap 单热图(A...
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Augur || 寻找最先对实验条件做出响应的细胞亚群我们提出了Augur，一种在单细胞数据中对生物扰动最敏感的细胞类型进行优先排序的方法。Augur采用了一个机器学习框架来量化高维空间中扰动细胞和未扰动细胞的可分离性。我们在单...
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SCENIC: 单细胞RNA-seq数据推断基因调控网络和细胞功能聚类作者：ahworld链接：SCENIC | 以single-cell RNA-seq数据推断基因调控网络和细胞功能聚类)来源：微信公众号著作权归作者所有，任何形式的转载都请联...
