参考文章：1.甲基化芯片入门学习-ChAMP包（二）2.TCGA数据库的癌症甲基化芯片数据重分析3.TCGA甲基化芯片数据质控和过滤4.甲基化芯片数据的差异分析5.甲基化芯片...
IP属地：北京
-
TCGA甲基化数据质量控制和差异分析（使用ChAMP包） -
《全网超全的保姆级 GSEA 代码教程》1 帮师姐做了 GSEA 的相关分析，发现有几点比较容易出错，可以注意一下： 1 GSEA 的 input 是没进行过筛选的 DESeq2 差异表达分析的结果，只是通过 lo...
-
《GSEA富集图（Enrichment Plot）解读指南》图片来自https://www.biostars.org/p/367191/[https://www.biostars.org/p/367191/] 第一部分富集曲线： 富集...
-
-
VariantRecalibrator应该是只适用于种系突变吧？我也不是很懂，嘿嘿
全外显子组测序（WES）分析1: GATK4变异检测（bwa+samtools+sambamba+GATK）
1. 全外显子组测序技术简介 全外显子组测序（whole exome sequencing，WES）是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集，然后通过高深度的...
-
MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
-
一个简单的方法下载 TCGA 中的 MAF 文件0. open this website 1.页面如下 2. 点击 Data Sets，输入你感兴趣的 Cancer type，这里我的选择是：Breast Invasive...
-
想要代码嘻嘻
TCGA数据差异分析后生存分析（批量单因素cox回归/Lasso筛选，多因素cox建模，时间依赖ROC曲线及KM plot可视化）
测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
-
TCGA数据差异分析后生存分析（批量单因素cox回归/Lasso筛选，多因素cox建模，时间依赖ROC曲线及KM plot可视化）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
-
-
-
CHIPseeker 注释 peak在 macs2 callpeak 之后，我们想要知道:the distribution of peaks, like intron/exon and so on.So we ...
-
Bulk-seq analysis1.下载 ensembl 参考基因组和注释： 2.STAR 生成索引文件 3.STAR Mapping slurm 脚本： 4.FeatureCount生成 rawcount...
-
讲的很仔细，谢谢大佬
10X单细胞个性化分析之CNV篇
最近父亲住院，需要人照顾，需要资金，所以不要脸的求一发大家的支持。 目前单细胞分析而言，分析方向大致包括以下几个方面，1）器官发育（这个用空间转录组更为合适）；2）疾病样本，...
-
10X单细胞个性化分析之CNV篇最近父亲住院，需要人照顾，需要资金，所以不要脸的求一发大家的支持。 目前单细胞分析而言，分析方向大致包括以下几个方面，1）器官发育（这个用空间转录组更为合适）；2）疾病样本，...
