写在前面 以前总看到问题是，基因结构可视化的问题；现在则变成了启动子元件的预测或者说可视化。这本身比较简单，也比较玄乎，所以我一直不是太乐意与别人讨论。但学院今天断网，手上的...
IP属地：云南
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植物启动子-顺式作用元件-批量提取-预测-可视化分析 -
pheatmap热图技巧合集突然间发现，我一做热图就用pheatmap几乎不存在第二个选项了。是时候跑一遍pheatmap的demo了. Examples scale是一个值得注意的参数，它旨在说明你想...
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RPKM，FPKM和TPM明确解释
RPKM，FPKM和TPM明确解释| RNA-Seq博客 来自StatQuest 过去，当您进行RNA测序时，您以RPKM（Reads Per Kilobase Millio...
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BUSCO - 组装质量评估BUSCO - 组装质量评估软件 BUSCO - Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs 额。直译的话就是普遍通用的单拷贝直...
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使用fastp进行数据质控
fastp是一款较新的数据质控软件，接触这个软件也是由于目前市场的软件各有功能但是功能都不是很全，譬如最近接触到一个RNAseq数据，质量较差，需要去除接头而且含N较多，序列...
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KEGG pathway 注释整理
KEGG pathway 注释整理 获得KEGG注释 通过eggnog-mapper和interproscan两个软件(或数据库)，可以获得KEGG ORTHOLOGY(KO...
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下载安装interproscan
注：本文系本人翻译官方文档HowToDownload 获取InterProScan 5的副本 首先检查您的系统是否满足安装要求。要安装InterProScan 5软件，你需要...
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interproscan的安装要求
注:本文系本人翻译于github上interproscan的安装要求 安装要求 InterProScan是为在Linux上运行而开发的。目前还没有针对Windows或苹果(M...
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interproscan 主页
注：本文系本人翻译于github上interproscan的文档。 介绍 什么是InterProScan？ InterPro是一个数据库，它集成了来自许多合作伙伴关于蛋白质功...
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可以使用AWK命令提取处理
简单小需求：如何将FPKM转换成TPM？
刘小泽写于19.2.21或许这还是个比较常用的需求 我们做转录组分析，得到的结果可能是FPKM。但是FPKM确实存在不准确性，推荐使用TPM。 read count和FPKM...
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请问GENE-GO注释的数据框如何整理，我做的是橡胶树的转录组使用Y叔的也是遇到了一些问题，所有想自己弄个物种，供以后使用。
「Bioconductor」让我们愉快的为自己做一个物种包吧
做植物是一件比较艰苦的事情，不但资源少，而且有限的资源未必还能用的好，就拿Bioconductor上的注释包来说吧，我在「Bioconductor」不要轻易相信Annotat...
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测序了，然后呢（四）有了OrgDb才能进行富集分析刘小泽写于19.1.20-21要进行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每个基因对应什么样的GO/KEGG分类，OrgDb就是存储不同数据库基因ID之间对应关系，以及基因与G...
个人介绍
刚入门生物信息的研究僧，目前就读于海南大学，在中国热带农业科学院橡胶所进行实验，本简书账号发布一些生信学生过程中的笔记与广大生信人一起交流学习。有问题或者是交流请联系邮箱:linxianzu1995@163.com