生信小迷弟 - 简书

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生信小迷弟

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生信石头

植物启动子-顺式作用元件-批量提取-预测-可视化分析
写在前面以前总看到问题是，基因结构可视化的问题；现在则变成了启动子元件的预测或者说可视化。这本身比较简单，也比较玄乎，所以我一直不是太乐意与别人讨论。但学院今天断网，手上的...

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周运来就是我

pheatmap热图技巧合集
突然间发现，我一做热图就用pheatmap几乎不存在第二个选项了。是时候跑一遍pheatmap的demo了. Examples scale是一个值得注意的参数，它旨在说明你想...

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白菜代码小推车

BUSCO - 组装质量评估
BUSCO - 组装质量评估软件 BUSCO - Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs 额。直译的话就是普遍通用的单拷贝直...

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井底蛙蛙呱呱呱

使用fastp进行数据质控
fastp是一款较新的数据质控软件，接触这个软件也是由于目前市场的软件各有功能但是功能都不是很全，譬如最近接触到一个RNAseq数据，质量较差，需要去除接头而且含N较多，序列...

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超人立志做国王

KEGG pathway 注释整理
KEGG pathway 注释整理获得KEGG注释通过eggnog-mapper和interproscan两个软件(或数据库)，可以获得KEGG ORTHOLOGY(KO...

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刘小泽

测序了，然后呢（四）有了OrgDb才能进行富集分析
刘小泽写于19.1.20-21要进行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每个基因对应什么样的GO/KEGG分类，OrgDb就是存储不同数据库基因ID之间对应关系，以及基因与G...

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xuzhougeng

「Bioconductor」不要轻易相信AnnotationHub的物种注释包
Bioconductor开发的物种注释包系列集合了一个物种不同来源的注释信息，能够根据基因ID对其进行多种来源的注释，比如说基因的别名，基因的功能等。我之前也写过一篇文章用...

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