前言 当我们获得一堆“感兴趣”/“有意义”的SNPs之后， 怎样知道这些SNPs所在的基因呢？ 不要告诉我一个一个在pubmed查就好～ 我们需要知道Plink哪个参数可以帮...
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GWAS分析-说人话（15）- 如何查看SNP所在的基因 -
10.GWAS：LD decay(LD衰减）—— PopLDdecay关于连锁不平衡的详细介绍在之前的帖子里有说过，这里就不再赘述，本篇主要介绍LD decay的计算。1.GWAS：原理与目的 - 简书 (jianshu.com)[https:...
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二代群体遗传与重测序（中）二.变异结果注释与统计 书接上回https://www.jianshu.com/p/ab6a35502786[https://www.jianshu.com/p/ab6a35...
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全基因组关联分析学习资料（GWAS tutorial）
前言 很多人问我有没有关于全基因组关联分析（GWAS）原理的书籍或者文章推荐。 其实我个人觉得，做这个分析，先从跑流程开始，再去看原理。 为什么这么说呢，因为对于初学者来说，...
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「GO富集分析」从原理到实践 ~ 零基础掌握写在前面 原本，我并无写这一稿件的想法。主要原因有二： 网络上已有相关资料较多，尽管类似的问题天天仍然有人问 再谈起 GO富集分析，距离上次已是五六年，简单来说，不想谈 如果...
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11.GWAS：确定候选区间
确定了与表型显著的SNP位点后，通常会选择在显著性位点所在位置前后，各一定的距离内，确定候选区间，进行候选基因挖掘，而这个距离如何确定？9.5 GWAS显著SNP筛选及曼哈顿...
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Haploview软件进行连锁不平衡（LD）分析0.写在前面 LD分析可以帮助识别基因组中的LD区块，即一段连续的位点之间存在很强的LD的区域，这些区块可能包含重要的功能元件或者遗传变异。在linux下有两种使用模式，区别...
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关联分析-tassel笔记1. 过滤 /gpfs01/home/jingjing/software/vcftools_0.1.12b/bin/./vcftools --vcf ../EG5.var.f...
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群体遗传学亲缘关系分析亲缘关系分析实操 前期准备 给标记加上ID SNP data通常都是以VCF格式文件呈现，拿到VCF文件的第一件事情就是添加各个SNP位点的ID。先看一下最开始生成的VCF文...
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全基因组关联分析（GWAS）:为何我的QQ图那么飘
前段时间有位小可爱问我，为什么她的QQ图特别飘，如果你不理解怎样算飘，请看下图： 理想的QQ图应该是这样的： 我当时的第一反应是：1）群体分层造成的；2）表型分布有问题。因此...
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关联分析-GEMMA笔记前面自己写过一篇笔记，用的是tassel（https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU0ODk5MjM3OA==&mid=2247483855&i...
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GWAS群体分层 (Population stratification)：利用plink对基因型进行PCA
来源：https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/10484467.html感谢作者，拷过来做个笔记。 一、为什么要做祖先成分的PCA? GWA...
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GWAS - 基因型与表型的关联分析流程这里介绍的SNP数据与单一表型的相关分析流程 一、准备plink文件 ped和map文件转换为bed、fam、bim mydata为ped和map的文件名，不需要加后缀mak...
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使用GEMMA进行GWAS分析
GEMMA（Genome-wide Efficient Mixed Model Association algorithm）是一款基于混合线性模型的GWAS分析软件。相比较...
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用Beagle做基因型填充（Imputation）在学习基因型填充之前需要了解一下什么是Phasing（基因定相、单倍体分型），主要是参考公众号碱基矿工中的一篇文章：人类基因组的Phasing原理是什么。建议多读几遍 Pha...
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Day3-记GWAS流程中的Tassel软件大坑
首先，不要问我昨天的笔记哪里去鸟，我只能说GWAS的论文还没看完，等我看完总结好再发上来，见谅啦。 刚到实验室，导师得知我之前在公司有分析人类WES数据的经验...
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GWAS学习笔记（一）：质量控制（QC）本系列文章采用的数据集与代码来自https://github.com/MareesAT/GWA_tutorial。该教程获得了许多人的推荐，是一份很详细的step-by-st...
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软件12 —— bcftools一、 基本介绍 VCF格式（Variant Call Format）是存储变异位点的标准格式，用于记录variants（SNP / InDel）。BCF是VCF的二进制文件...