1、Mac 使用Shell(终端) ssh 连接远程 服务器 初次用Mac做远程维护的同学，可能都会在网上找各种Mac上可用的ssh软件，但是大家可能不知道，Mac自带远程连...
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Mac连接远程服务器 -
Seurat官方教程2 | 多模式数据分析教程背景 这个例子演示了允许用户使用Seurat分析和探索多模式数据的新特性。虽然这只是一个初始版本，但我们很高兴在未来为多模态数据集发布重要的新功能。在这里，我们分析了由C...
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趋化因子Chemokines家族趋化因子是一类小分子分泌性蛋白(约8-10 kDa)，其与七次跨膜G 蛋白偶联受体结合，在稳态和炎症状态下指导细胞迁移。表达趋化因子受体的细胞向趋化因子高浓度的区域迁移。 尽...
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2021-04-22 bam文件中提取比对（mapped）或未比对上（unmapped）reads
flags 1 0x1 这序列是PE双端测序 2 0x2 这序列和参考序列完全匹配，没有错配和缺失 4 0x4 这序列没有mapping到参考序列上 8 0x8 这序列的ma...
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空间多组学分析破译胶质母细胞瘤中的双向肿瘤-宿主相互依赖性（空间微环境）作者，追风少年i 周四了，马上一周又要过去了，今天呢，分享一篇文章，文章在Spatially resolved multi-omics deciphers bidirecti...
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Wilcoxon检验1. Wilcoxon检验 Wilcoxon检验包含 2 种不同类型的检测，并且极容易混淆，这 2 种分别方法是 Wilcoxon rank-sum test：秩和检验，也称...
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用copyKAT推断肿瘤细胞CNV及解决细胞过滤问题本文共分3部分。 首先介绍一下copyKAT原理和使用方法。然后提出一个关于细胞过滤的问题。最后提出一个解决问题的方法供参考。 1.copyKAT及使用简介 copyKAT是...
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copyKAT推断单细胞转录组肿瘤细胞CNV（自动识别肿瘤normal和tumor）hi，各位，2021年1月份发表了一篇文献Delineating copy number and clonal substructure in human tumors fr...
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NCBI下载SRA数据的4种方法作为生命科学的从事者，不论是老师或者学生都应该用过NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...
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TCGA癌症名称缩写中文意思
ACC 肾上腺皮质癌BLCA 膀胱尿路上皮癌BRCA 乳腺癌浸润癌CESC 宫颈鳞状细胞癌和宫颈内腺癌CHOL 胆管癌COAD 结肠腺癌DLBC 淋巴肿瘤弥漫性大 B 细胞淋...
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hdWGCNA：单细胞WGCNA分析方法WGCNA原理和分析流程[https://www.jianshu.com/p/9331eb5377d1] 单细胞WGCNA分析方法+随机森林[https://www.jian...
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2022新版TCGA数据下载与整理2022年4月份TCGA进行了更新，测序数据变成了STAR-count文件。以往count文件是htseq.counts.gz格式，现在变成star_gene_counts....
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TCGA临床数据的提取TCGA临床数据的下载这里不做介绍。下载后解压数据会得到包含多个子文件夹的的文件，如下所示： 每个子文件夹下通常包含XML文件，有的也会包含多个文件。但我们需要用到的就是XM...
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空间转录组第十讲：空转的细胞分化（拟时序分析）该怎么玩
在发育过程中，细胞会对刺激做出反应，在整个生命过程中，从一种功能性“状态”转变为另一种功能性“状态”。拟时序分析（pseudo-time），它指通过构建细胞间的变化轨迹来重塑...
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Seurat的打分函数AddMouduleScore在读张泽民老师发表的新冠文献的时候看到计算免疫细胞的cytokine score或inflammatory score使用了Seurat包的AddMouduleScore函数...
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R语言获取 GO/KEGG 中某一通路的基因集
有时候我们想看某一特定通路的富集情况，这时就需要获取该通路的基因集。 一、从 GO 中获取 下载脚本 getGoTerm.R[https://github.com/Jiaha...
