1：在线构建RAxML树 1. CIPRES网站： CIPRES Science Gateway V3.3[http://www.phylo.org/index.php/po...
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在线和本地两种方法构建 RAxML 进化树方法和解读 -
【ProteoWizard MSConvert】质谱文件格式简介及其转换质谱格式 质谱文件格式多种多样，各仪器厂商产出的数据都有不同。虽然HUPO已经对质谱数据进行了标准化，但大家依然是我行我素，因为不得不用它们提供的软件，而不同的软件会要求不同...
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使用EGGNOG-Mapper对非模式物种快速进行GO或KEGG注释对于非模式物种，需要做GO或KEGG富集，可以尝试使用EGGNOG-Mapper来对你的物种序列进行快速注释。在注释结果文件中，可以同时获得序列映射上的GO号或KO号，直接提...
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那是linux里面的循环语句，你可以看下循环
如何用fasq-dump解压SRA文件
之前介绍了如何安装sratoolkit, 可以看我之前写的简书https://www.jianshu.com/p/188df05615c7[https://www.jians...
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miniconda的常用命令汇总
写这个的目的主要是年纪大了，老是记不住命令行，索性整理下来，忘了就不用满世界找了。 和channels有关的命令 查看已经添加的channels 增加channels 有时候...
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Linux下miniconda的安装使用
Anaconda与Miniconda的区别 Anaconda是一个打包的集合器皿，里面预装好了conda、某个版本的python、众多packages、科学计算工具等等，所以...
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如何区分基因的显性效应(Dominance effect)和上位性效应(Epistatic effect)基因的上位性效应和显性效应听名字就觉得挺绕的，听起来就是一个基因对另一个基因的压制效果，网上的介绍看起来云里雾里，还搬来染色体，标记的性状，感觉更加复杂了。 基因的显性效应 ...
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建立者效应(founder effect)和瓶颈效应(bottleneck effect)我对种群遗传学这块一直不太熟悉，奈何实验室中经常有需要涉及到种群进化这块的内容，所以以下的这块介绍，大抵将给我自己听的。 建立者效应 建立者效应是指少数个体的基因频率决定了他...
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基因的可变剪切(alternative splicing)和蛋白异构体(Protein isoform)写这个文章的原因是因为我在用Trinity组装转录组的时候，除去软件的原因，在生物体内有很多的可变剪切现象，定义就是一个mRNA前提可以通过不同的内含子出去方式获得成熟的mR...
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如何用fasq-dump解压SRA文件
之前介绍了如何安装sratoolkit, 可以看我之前写的简书https://www.jianshu.com/p/188df05615c7[https://www.jians...
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fastq格式，如何快速计算fasta, fastq的reads数？
FASTQ fastq格式是一种基于文本的存储生物序列和对应碱基或者氨基酸质量的文件格式，最初由桑格研究所（Wellcome Trust Sanger Institute[h...
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线粒体组装软件(2) NOVOPlasty
NOVOPlasty是一个小型环状基因组的软件，这意味着这个软件可以组装线粒体基因组和叶绿体基因组。这个软件是一个perl的脚本，直接就可以运行，软件需要一个seed序列，我...
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如何区分直系同源(Orthologs)和旁系同源(Paralogs)？做进化的总是免不了区分直系同源和旁系同源，还有一个同源基因，我刚接触进化的时候经常搞不懂这三货，好在我老板不嫌我笨，两遍三遍超有耐心的教，有老板笔记为证 先看定义吧，直系同源...
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如何用prefetch下载转录组数据？SRAtoolkit套件中提供了prefetch命令用于下载SRA文件，下面就介绍下怎么样下载和使用： 选择合适的压缩包 我们先进入ncbi的官网 https://www.n...
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线粒体DNA结构和组成线粒体DNA的结构 线粒体的DNA（mitogenome）是独立于细胞核染色体之外的基因组，它具有独立的自我复制，转录和编码的功能。一般中的线粒体基因组较小，为10-39kb...
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线粒体组装软件（1）Mitofinder
软件介绍 听名字就可以猜出来Mitofinder是一个专门用于组装线粒体基因组的软件，该软件运行于liunx平台，不仅可以用于组装线粒体的基因组还可以用于注释线粒体基因组，不...
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测序深度和测序覆盖度，怎么估算？在我们开始测序之前，经常会被问道，你需要的测序深度和测序覆盖度的概念，比如在测序线粒体的DNA时候，测序小哥就问说1个G的数据量够了吗？下面就给大家解释下这两个概念： 测...
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您好，我在Sleuth_fit时候，出现报错信息，请问是什么意思怎么解决呢：4 NA values were found during variance shrinkage estimation due to mean observation values outside of the range used for the LOESS fit.
The LOESS fit will be repeated using exact computation of the fitted surface to extrapolate the missing values.
These are the target ids with NA values: PPYR_00001-PA, PPYR_03317-PA, PPYR_05506-PA, PPYR_11147-PA
谢谢。RNA-seq无比对直接定量(Kallisto - sleuth流程)
RNA-seq数据下载 数据来自文献：An RNA-Seq transcriptome and splicing database of neurons, glia, and...
