240 发简信
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  • 创建 gene2go 表格的那段代码,循环里面不停地在拷贝内存块,效率很低的,可以这样做:

    ```
    gene_ids <- rownames(eggnog_annoations)
    eggnog_lines_with_go <- eggnog_annoations$GO.terms != ""
    eggnog_annoations_go <- strsplit(eggnog_annoations$GO.terms[eggnog_lines_with_go], ",")
    gene_to_go <- data.frame(GID = rep(gene_ids[eggnog_lines_with_go],
    times = sapply(eggnog_annoations_go, length)),
    GO = unlist(eggnog_annoations_go),
    EVIDENCE = "IEA")
    ```
    效率会提升很多

    测序了,然后呢(四)有了OrgDb才能进行富集分析

    刘小泽写于19.1.20-21要进行GO或者KEGG富集分析,就需要知道每个基因对应什么样的GO/KEGG分类,OrgDb就是存储不同数据库基因ID之间对应关系,以及基因与G...