创建 gene2go 表格的那段代码,循环里面不停地在拷贝内存块,效率很低的,可以这样做:
```
gene_ids <- rownames(eggnog_annoations)
eggnog_lines_with_go <- eggnog_annoations$GO.terms != ""
eggnog_annoations_go <- strsplit(eggnog_annoations$GO.terms[eggnog_lines_with_go], ",")
gene_to_go <- data.frame(GID = rep(gene_ids[eggnog_lines_with_go],
times = sapply(eggnog_annoations_go, length)),
GO = unlist(eggnog_annoations_go),
EVIDENCE = "IEA")
```
效率会提升很多
测序了,然后呢(四)有了OrgDb才能进行富集分析刘小泽写于19.1.20-21要进行GO或者KEGG富集分析,就需要知道每个基因对应什么样的GO/KEGG分类,OrgDb就是存储不同数据库基因ID之间对应关系,以及基因与G...