变异检测入门和进阶 - 文集

QTLseqr是一个用于BSA-seq的R包，它能够读取GATK输出结果进行过滤，最终使用SNP-index和G 统计值的方法进行定位。我们这次...

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接着上一篇留下的问题，如何按照以1M为窗口，每次移动10Kb计算均值。我们以KY131是"0/0", 而 "DN422" 是 "1/1"的位点...

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下游分析下游分析可能是比较成熟化的流程分析，对服务器的要求比较高一些，下游分析则是对背景知识要求高一些，例如VCF的格式，遗传学的三大定律等。...

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BSA虽然不是我最早接触的高通量数据分析项目（最早的是RNA-seq），但是却是我最早独立开展的数据分析项目，我曾经专门写过一篇文章介绍如何使...

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很久之前就听说sentieon在跑calling variants的速度非常快，能甩GATK 不知道多少条街，但是一直缺少一次机会去进行测试。这...

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GATK官方提供了一个SNP过滤的标准，howto-apply-hard-filters-to-a-call-set,如果你按照它的要求来过滤简...

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原文地址: SNP Filtering Tutorial 接「博客翻译」SNP过滤教程（一） FreeBayes输出结果过滤下面的教程假设你的...

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原文地址: SNP Filtering Tutorial 感觉文章写的真棒，于是就翻译了一遍目标学习如何使用VCFtools根据缺失信息，基...

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GATK的HaplotypeCaller 应该是目前最常用的变异检测软件，尤其是在人类基因组上。不过HaplotypeCaller的速度相对于其...

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