深山夕照深秋雨OvO

-1.仅作笔记使用 我所用到的所有脚本可以+Q索要 请实名，名字+学校+方向 0. 首先需要获取基因的相对丰度表，这里可以略参考 宏基因组-(1)基因预测与基因相对丰度[ht...

KXie

一. 16S-seq实验 所用示例数据使用Illumina公司两步PCR的方法进行扩增： 1st stage PCR, 使用含adaptor的16S rRNA基因的通用引物，...

生信学习者2

phyloseq: 扩增子统计分析利器 phyloseq包对多类型数据的综合软件，并其对这些数据提供统计分析和可视化方法。 介绍   微生物数据分析的主要挑战之一是如何整合不...

佳名

α多样性分析需要没有经过归一化的数据 1.安装 2.导入文件 查看样品个数 查看otu个数 3.筛选otu 方法1:保留在所有样本中总序列数大于100的otu 提取总coun...

Brickvstar

multiqc可以整合其它软件的报告的软件，能将fastqc生成的多个报告整合成一个报告的软件，这样能方便的查看所有测序数据的质量。 MultiQC安装及运行 安装： con...

zd200572

没错，你没看错，十年后最经典的16S数据库--Greengenes数据库更新了，提供了Qiime2兼容插件，分析流程，还将继续更新，用起来呀！虽然还没发表，只是上传在了预印本...

胡童远

导读 用随机森林“分类”的方法寻找16S测序数据中与分组有关的细菌。 一、数据准备 标准化细菌丰度表格式要求：不用放样本ID；最后一列放分组变量 二、R分析准备 三、随机森林...