-1.仅作笔记使用 我所用到的所有脚本可以+Q索要 请实名，名字+学校+方向 0. 首先需要获取基因的相对丰度表，这里可以略参考 宏基因组-(1)基因预测与基因相对丰度[ht...
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宏基因组 - (2)基于基因相对丰度计算α/β多样性 -
phyloseq: Explore microbiome profiles using R(2)
在Phyloseq的Tutorials，学习MergeData phyloseq支持包括对两个完全不同类别的数据对象进行合并 将OTUs或样本合并到一个phyloseq对象中...
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phyloseq: Explore microbiome profiles using R
最近看了关于介绍phyloseq包的这篇文章，在帮助文档界面上有从数据导入到各种分析的代码，对其代码进行重复、学习，从而更加熟练其代码，以期将来实战分析更得心应手。 1.数据...
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DADA2+Phyloseq分析16S-seq数据 2021-06-10一. 16S-seq实验 所用示例数据使用Illumina公司两步PCR的方法进行扩增： 1st stage PCR, 使用含adaptor的16S rRNA基因的通用引物，...
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R包：phyloseq: 扩增子统计分析利器phyloseq: 扩增子统计分析利器 phyloseq包对多类型数据的综合软件，并其对这些数据提供统计分析和可视化方法。 介绍 微生物数据分析的主要挑战之一是如何整合不...
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R packages：phyloseq（一） 16s 扩增子α多样性分析α多样性分析需要没有经过归一化的数据 1.安装 2.导入文件 查看样品个数 查看otu个数 3.筛选otu 方法1:保留在所有样本中总序列数大于100的otu 提取总coun...
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【RNA-seq自学4】样品分析之质量评估MultiQC及结果分析multiqc可以整合其它软件的报告的软件，能将fastqc生成的多个报告整合成一个报告的软件，这样能方便的查看所有测序数据的质量。 MultiQC安装及运行 安装： con...
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Greengenes2 2022.10没错，你没看错，十年后最经典的16S数据库--Greengenes数据库更新了，提供了Qiime2兼容插件，分析流程，还将继续更新，用起来呀！虽然还没发表，只是上传在了预印本...
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16S测序分析（五）用RandomForest寻找关键细菌导读 用随机森林“分类”的方法寻找16S测序数据中与分组有关的细菌。 一、数据准备 标准化细菌丰度表格式要求：不用放样本ID；最后一列放分组变量 二、R分析准备 三、随机森林...
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16S测序分析（四）用MaAsLin寻找组间差异细菌导读 MaAsLin（Multivariate Analysis by Linear Models，多变量线性回归模型）功能：相关性分析特点：多表型同时分析，矫正协变量数据输...
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16S测序分析（三）用LEfSe寻找组间差异细菌导读 前面已经介绍了获取菌属相对丰度表的方法，以及多样性分析中的基本概念和计算方法。接下来将开始介绍一种寻找组间差异细菌的常用方法LEfSe。LEfSe（Linear dis...
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16S测序分析（二）菌群多样性分析导读 多样性分析是16S测序分析中常见的分析方法。本文旨在向初学者介绍多样性分析中alpha多样性和beta多样性的由来、概念、计算，以及展示“如何用R语言实现alpha多样...
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16S测序分析（一）菌属丰度表获取导读 Miseq 16S amplicon V3V4 PE300测序是目前菌群结构谱研究最为常用的测序手段。本文将以此类测序的下机数据为例展示“如何从Miseq测序数据中快速...
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微生物16S测序数据分析思路解读
文章摘录：https://metagenome.blog.csdn.net/article/details/106435898?utm_medium=distribute.p...
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16S rRNA 流程目录 - qiime2
QIIME 2不仅可用于处理标记基因分析，而且 在广泛的用户和社区人员参与开发下，已经产生了很多 可用插件 ，在未来还有更多的插件整合到QIIME 2中，它将成为适应多种微生...
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微生物组16S rRNA数据分析小结：raw data sequence及其注意事项笔记内容：拿到原始数据后，在做上游分析之前，需要了解和注意的：16s rRNA是什么，测它有什么用序列文件(raw sequence data)是怎么来的？raw seque...
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7.7分1区纯生信，单细胞+WGCNA+百种机器学习，经典思路高分频发！背景 巨噬细胞在肺腺癌（LUAD）的肿瘤免疫微环境（TIME）形成和肿瘤进展中起关键作用。然而，很少有研究全面系统地描述LUAD中巨噬细胞的特征。 方法 这项研究利用GSE1...
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单细胞的细胞注释要进入AI（GTP-4）时代了吗？作者，Evil Genius openAI,格雷格·布罗克曼，据说是最可能超越马斯克的人。 细胞类型标注是单细胞RNA-seq分析的重要步骤。这是一个耗时的过程，通常需要收集...
